4587 ペプチドリーム 有価証券報告書－第11期(2016/07/01－2017/06/30)

第一部 【企業情報】

第１ 【企業の概況】

１ 【主要な経営指標等の推移】

(注) １．売上高には消費税等は含まれておりません。

２．持分法を適用した場合の投資利益については、関連会社が存在しないため記載しておりません。

３. 平成27年６月９日開催の当社取締役会の決議に基づき、平成27年７月１日付で普通株式１株につき４株の株式分割を行っております。第８期の期首に当該株式分割が行われたと仮定して１株当たり純資産額、１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額を算定しております。

４. 平成29年６月13日開催の当社取締役会の決議に基づき、平成29年７月１日付で普通株式１株につき２株の株式分割を行っております。第10期の期首に当該株式分割が行われたと仮定して１株当たり純資産額、１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額を算定しております。

５．第11期の１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額の算定上の基礎となる普通株式の期中平均株式については、資産管理サービス信託銀行株式会社（信託Ｅ口）が所有する当社株式を控除対象の自己株式に含めて算出しております。また、１株当たり純資産額の算定においては、期末発行済株式総数から控除する自己株式数に含めて算出しております。

６．従業員数は、就業人数であり、使用人兼務役員は含まれておりません。

２ 【沿革】

平成17年９月に、株式会社東京大学エッジキャピタル（UTEC）及び株式会社東京大学TLO（CASTI）の紹介にて、菅裕明（当社のコア技術・フレキシザイムの開発者であり、現当社社外取締役）と窪田規一（現当社代表取締役）が出会いました。技術的には伍していても、事業としては欧米の後塵を拝し、閉塞感のある日本のバイオ業界の現状に対し、新しい創薬の方向について語り合い、お互いに一つの夢を共有するに至りました。**「日本発・世界初の新薬を創出し社会に貢献したい」**という共通の夢から、バイオ創薬における独創的な製薬メーカーに成長することを標榜し、平成18年７月に東京大学先端科学技術研究センターの国際・産学共同研究センターにて当社は設立されました。そして、「フレキシザイム技術」に始まる独自の知的財産の強みを最大限に生かしたビジネスモデルを構築することができました。
　当社は、当社のモットーである"Our Dreams can come TRUE !"に沿って「日本発・世界初の新薬を創出し社会に貢献したい」という夢に向かって着実に歩んでおります。
　当社設立以後の変遷は、以下のとおりであります。

(注)平成29年７月に本社・研究所を東京都目黒区（東京大学先端科学研究センター内）から神奈川県川崎市に移転しました。また、同８月に塩野義製薬㈱及び積水化学㈱との合弁契約を締結し、同９月に合弁会社であるペプチスター株式会社を設立しております。

３ 【事業の内容】

(1) 事業の概要

当社は、当社独自の創薬開発プラットフォームシステム（*１）であるPDPS（Peptide Discovery Platform System）を活用して、国内外の製薬企業との共同研究開発のもと、新しい医薬品候補物質の研究開発を行っています。

当社の事業の系統図は、次のとおりです。なお、当社のセグメントはアライアンス事業のみの単一セグメントであります。

　       ＜事業系統図＞

(注)  当社の各種売上金の詳細については後述「(4) 当社のビジネスモデルについて」に記載のとおりであります。

当社は、特殊ペプチド医薬に特化した事業を展開しております。「特殊ペプチド」とは、当社窪田（現当社代表取締役）の造語ですが、生体内タンパク質を構成する20種類のL体のアミノ酸だけではなく、特殊アミノ酸と呼ばれるD体のアミノ酸やNメチルアミノ酸等を含んだ特殊なペプチドをいいます。当社では、後述のとおり創薬に適していると考えられるこの特殊ペプチドから医薬品候補物質を創製することを主たる事業としております。

特殊ペプチドによって創薬開発を行うことを可能にするため、当社は創業以来、創薬開発基盤システムを創り上げることに注力してまいりました。その成果が、当社独自の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）です。当社は、このPDPSにより、多様性を持った特殊ペプチドのライブラリーを作製し、標的分子（ターゲットタンパク）に対して適した特殊ペプチドを短期間でスクリーニングすることができるようになりました。

当社の事業の概要は、次のとおりであります。(A)共同研究開発：当社と製薬企業との間で共同研究開発契約を締結すると、当社は、製薬企業から契約一時金、研究開発支援金等の売上金及び標的分子（ターゲットタンパク）を受領します。その後、当社では、PDPSを活用して多様性のある特殊ペプチドのライブラリーを作製し、標的分子に対してアフィニティ（他の分子との特異的な親和性）のある特殊ペプチドをPDPSにより高速でスクリーニングして製薬企業に提供します。提供された特殊ペプチドは、その後、製薬企業において創薬開発が進められることになりますが、製薬企業の創薬開発が成功裡に進めば、当社は創薬開発の進捗段階に応じて、当該特殊ペプチドに係る製品の上市に至るまで及び上市後においても契約に基づき種々の対価を受領することができます。(B)PDPS技術貸与（PDPS技術ライセンス）：当社との共同研究開発を通じて、製薬企業は当社のPDPSが持つ能力に関心を抱くようになり、製薬企業からPDPSを当該製薬企業内で使いたいとの要望が出てくるようになりました。これを受けて、当社では研究開発コラボレーションの一環として、共同研究開発先に対してPDPS技術の非独占的な実施許諾（技術ライセンス契約 、技術貸与）を行っています。(C)戦略的提携／自社創薬：当社は、自社の医薬品候補化合物（パイプライン）を複数本有しており、これらの医薬品候補物質を医薬品にするため、自社内で研究開発を進めています。また、世界中の特別な技術を有する製薬企業やバイオベンチャー企業、アカデミア等の研究機関と戦略的提携を組むことで、自社のパイプラインの拡充を図っています。

(2) 創薬の歴史と（特殊）ペプチドの位置付け

 創薬開発の歴史的スタートは、明治30年（1897年）にバイエル社の研究者によって開発されたアスピリン（*２）が市販された明治32年（1899年）だとされております。それから100年以上にわたり低分子医薬品（*３）が創薬の中心的なポジションを占めてきました。

1980年代には抗体（*４）を医薬品に利用するべく研究がすすめられましたが抗原性の問題（*５）等により、実用には至りませんでした。その後も、欧米の製薬企業が長期にわたり研究開発を進めた結果、平成９年（1997年）頃から抗体医薬品（*６）が発売され、2000年代は抗体医薬品が創薬開発の中心になっております。しかし、低分子医薬、抗体医薬とも医薬品として素晴らしい特性はあるものの、一方でそれぞれいくつかのウイークポイントも持っております。（下表＜低分子医薬と抗体医薬の特徴＞参照）

そのため現在、世界の多くの大手製薬企業はおよそ10年後を目処にした低分子医薬・抗体医薬に続く次世代の創薬開発を目指し、積極的な活動を行っております。

　＜低分子医薬と抗体医薬の特徴＞　※当社見解に基づく/当社作成

＜用語解説＞

一般的にいわれるペプチド（*10）は、２個以上の天然型アミノ酸（*11）が結合して作られた化合物の総称であり、生体内においては、ホルモンや各種伝達物質として働く生体にとって不可欠なものです。ペプチドは生体内で重要な働きを担っていることから、古くから創薬の候補物質として注目されていました。しかしながら、少数の事例を除き、いくつかの問題点により創薬に結びつくまでには至っていませんでした。これに対し、当社が創出する新しい医薬品候補物質、すなわち特殊ペプチド（*12）は、下表＜一般的なペプチドと特殊ペプチドの違い＞（当社作成）のとおり、今までの一般的なペプチドの（医薬品候補物質としての）問題点の多くを解決することにより、医薬品候補物質としてよりふさわしい特徴を持つことができる可能性があると期待されています。

＜一般的なペプチドと特殊ペプチドの違い＞　※当社見解に基づく/当社作成

これまでの医薬品の中心である低分子医薬と抗体医薬は、医薬品としての優位点と共に問題点も併せ持っております。たとえば、低分子医薬は、下表＜低分子医薬・特殊ペプチド医薬・抗体医薬の分子量比較＞（当社作成）のとおり、分子量（*16）が相対的に小さく様々な種類のターゲット（標的分子）に対応できること（ターゲットの多様性）が優位点です。その一方で、ターゲットに対する結合力や特異性が劣り、標的とするターゲットに結合せずに結合すべきでない分子に結合してしまうことなどにより、多くの副作用を引き起こしてしまう（生体内毒性が低くない）リスクが相対的に高いことが問題点となります。

一方、抗体医薬は、低分子医薬に比べてその分子量が非常に大きいため、ターゲットの多様性は低いものの、ターゲットに対する結合力や特異性に優れていることが優位点になります。しかし、その大きさゆえに細胞内のターゲットに対応できず経口投与ができないことや、生体内で免疫反応を惹起してしまう（生体が異物と判断してしまう）リスクが相対的に高いことなどの問題点も数多く存在します。

低分子医薬や抗体医薬に比べて、特殊ペプチドは、分子量で評価すると低分子医薬よりやや大きい程度であることや、前述の物質的な特性から、下表＜低分子医薬・抗体医薬・特殊ペプチド医薬の特性（能力）比較＞（当社作成）のとおり、従来の低分子医薬や抗体医薬の問題点を低減しながら、同時に双方の優位点を実現できる可能性があります。

＜低分子医薬・特殊ペプチド医薬・抗体医薬の分子量比較＞　※当社作成

＜低分子医薬・抗体医薬・特殊ペプチド医薬の特性（能力）比較＞　※当社見解に基づく/当社作成

(注)　「○」は備える又は優れると思われる能力　　　／　「△」は備えると期待される能力

「×」は備えていない又は劣ると思われる能力

次に、このような特殊ペプチドのターゲットに対する強い結合力を視覚的に説明するために特殊ペプチドが創薬のターゲットとなるタンパク質に結合している状況を分析したデータに基づくイメージ画像（タンパク質Ｘ線結晶構造解析（*17））を掲示します。

医薬品は、創薬のターゲットとなるタンパクに結合し働くこと（生理活性）により、薬としての機能を発揮します。つまり、創薬のターゲットタンパクに強く特異的に結合することが重要になります。次の図は、その特殊ペプチドの特徴をよく表しております。

＜特殊ペプチドの結合：複数点による結合＞　※共同研究開発に伴う当社データ

左図のらせん状の帯の部分が創薬のターゲットとなるタンパクです。そのうえのマッチ棒の様な集まりが特殊ペプチドです。特殊ペプチドはターゲットタンパクに対して複数のポイント（ここでは３か所・点線丸）において結合しております。 低分子医薬の場合はこの結合ポイントが１か所であるため、結合力に限界があります。また、１か所の結合ポイントだと他のタンパクとの違いを見出すことも困難になります。これは、１ケタの暗号数字では特異性（選択性）が低いということと同じ理屈にたとえられます。

特殊ペプチドのターゲットタンパクに対する結合の一様式は複数のアンカーを複数のポイントに対して打ち込んだ形であり、低分子医薬のようにターゲットに対して多くの多様性を持っているうえ、低分子医薬よりもはるかに強固な結合力を保持しております。そのことが、特異性の高さにも結び付いております。

＜特殊ペプチドの結合：標的分子の表面に絡みついて結合している様子＞

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　※Suga & Nureki Lab.データ

抗体医薬は、創薬のターゲットとなるタンパクの表面にしっかりと張り付く形で結合しております。低分子医薬が点（ポイント）で創薬ターゲットタンパクを捉えているのに対して、抗体医薬は面で創薬ターゲットタンパクを捉えていることになります。

前頁の図＜特殊ペプチドの結合：標的分子の表面に絡みついて結合している様子＞は特殊ペプチド（六角形の集まり）がターゲットタンパク（らせん状のリボン）に結合しているＸ線結晶構造解析結果です。抗体医薬と同じようにターゲットタンパクの表面にしっかりと絡みついて結合しています。

このことから、特殊ペプチドはまさにサイズの小さい抗体医薬といえます。小さいサイズながら抗体医薬とそん色のない特性を持っている理由はこのような結合の形によるものです。

＜特殊ペプチドの結合：標的分子の内側に潜り込んで絡みついて結合している様子＞

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　※Suga & Nureki Lab.データ

上図は先ほどの＜特殊ペプチドの結合：標的分子の表面に絡みついて結合している様子＞の図とは異なるターゲットタンパクに対する特殊ペプチドのＸ線結晶構造解析結果です。特殊ペプチドはターゲットタンパクの表面ではなく内側に潜り込み絡み付くように結合しているのがわかります。抗体医薬ではその大きさの問題からこのようにターゲットタンパクの内側に対する結合様式を持つことはできません。

特殊ペプチドは、創薬ターゲットタンパクの特徴に合わせて、特異性の高い強固な複数の結合形態をとることができる多様性を持った医薬品候補物質と言うことができます。

これまで説明してきたように、特殊ペプチドが結合したターゲットタンパクのＸ線結晶構造解析により、どのように特殊ペプチドが働いているのかを詳細に理解することができます。これらの情報をもとに、最先端の創薬技術を活用することで、近年では特殊ペプチドとターゲットタンパクとの結合のしかたを再現するような低分子医薬をデザインすることが可能となってきました。現在当社では特殊ペプチドのような結合力や特異性を有した低分子医薬の開発を進めております。

また、特殊ペプチドそのものを医薬品として利用するのではなく、結合力や特異性などの特徴を利用し、生体内の特定の部位や臓器に別の薬剤を送達するキャリアー（運び屋）として利用するPDC（*18）の開発をすることも可能であり、当社では自社パイプライン（*19）の一環としてPDCの研究開発を進めております。

＜用語解説＞

(3) 事業の特徴について

① 創薬開発プラットフォームシステム：PDPS（Peptide Discovery Platform System）について

特殊ペプチドを医薬品候補物質として活用するためには、多くのハードルを越えなければなりませんでした。これまで、特殊ペプチドの特徴である特殊アミノ酸（*20）を組み込んで医薬品候補物質として活用するためには、多くの時間や労力を要し、容易ではありませんでした。

また、生体（細胞）がペプチドを作るときに組み込めるアミノ酸の種類は20種類の天然型アミノ酸に限られているため、無細胞翻訳系（*21）によっても合成することができませんでした。

当社は、それらの問題点を解決し、特殊ペプチドを大規模な創薬ライブラリー（*22）として構築できる技術・システムを開発しました。それが、フレキシザイム（Flexizyme）技術であり、FITシステム（Flexible In-vitro Translation system）であります。

ア．　フレキシザイム（Flexizyme）について

フレキシザイムは、当社の創立者の一人である菅裕明・東京大学教授が、長期にわたる研究の結果、完成させた「多目的tRNA（*23）アシル化（*24）RNA触媒（*25）」です。

ペプチドが翻訳合成（*26）されるときアミノ酸ごとに１種類の特定のtRNAが結合します。これがアミノアシル結合と呼ばれる現象です。

アミノ酸とtRNAは特定の対の関係になっており、その対の組合せを基にアミノ酸とtRNAをアミノアシル結合させるのがARS（アミノアシルtRNAシンセテース）と呼ばれる酵素（*27）です。

ARSもアミノ酸とtRNAの対の組合せと同じように特定の対の関係があります。アミノ酸・tRNA・ARSの組合せは明確に特定されており、それは生物のルールであると考えられていました。さらにそれぞれのARSは20種類の天然型アミノ酸にのみ対応しており、特殊アミノ酸に対応するARSは存在しませんでした。

ところが、フレキシザイムは単体でARSに代わりすべてのアミノ酸（非天然型アミノ酸を含む）とtRNAを自由に組合せ結合することができるスーパー触媒ともいうべき特徴を持っております。

それにより、アミノ酸とtRNAの組合せは無限大に近くなりました。

当社のフレキシザイム技術は、今まで無細胞翻訳系により組み込むことが困難であった特殊なアミノ酸を簡単に、そして迅速にペプチド合成の中に組み込むことを可能にした独自の技術です。

特殊なアミノ酸を組み込んだペプチドを創製することが容易になったことで特殊ペプチドは生体内における安定性が増し、分解されにくいという特質を活かして医薬品としての作用を発揮する素地の一つを整えることになりました。そのほか、細胞膜の透過性を持つ特殊ペプチドも採れており、細胞内の標的をターゲットにすることもできるようになりました。

イ．　FIT（Flexible In-vitro Translation）システムについて

次にFITシステムですが、フレキシザイム技術で創製できるようになった特殊ペプチドを下表＜医薬品候補物質の多様性の比較＞（当社作成）のとおり、FITシステムにより多様性（数や種類）を持ったライブラリーとして構築することができるようになりました。

低分子医薬のライブラリーの多様性を１としたとき、おおよその値として、抗体医薬はその１万倍程度の多様性を持ち、特殊ペプチドは低分子医薬の１億倍程度の多様性を持っております。ライブラリーの多様性は、医薬品としての候補物質を含んでいる可能性を高めるため、多様性が大きくなればなるほど、医薬品候補物質発見の可能性も高くなります。この多様性の比較からも、当社の特殊ペプチドライブラリーは、まだ見ぬ医薬品候補物質を生み出す大きな可能性を持っているものと考えております。（現在、当社ではさらなる改良を加えて独自の翻訳合成系として活用しています。）

＜医薬品候補物質の多様性の比較＞　※当社作成

(注)　「多様性の比較」は左記「多様性」における下端の値をとっております。

ウ．　RAPID（RAndom Peptide Integrated Discovery）ディスプレイシステムについて

RAPIDディスプレイシステムは、特殊ペプチドを短期間でスクリーニング（*28）できる高速のスクリーニングシステムです。

従来のライブラリーに比べて格段の多様性を持っている特殊ペプチドライブラリーを活用するためには、数千億から兆単位の数の特殊ペプチドを効率的かつ高速、正確にスクリーニングする必要があります。

当社は、FITシステムの特徴を最大限に生かし活用するために、独自にRAPIDディスプレイシステムを開発しました。RAPIDディスプレイシステムは、無細胞翻訳系において合成された特殊ペプチドの特徴を生かして、ターゲットタンパクに対して結合力・特異性・選択性の秀でた特殊ペプチドを短期間でスクリーニングできる高速のスクリーニングシステムです。（現在、当社ではさらなる改良を加えて独自のディスプレイシステムとして活用しています。）

エ．　PDPS（Peptide Discovery Platform System）について

当社は、フレキシザイム技術とFITシステムを組合せ、多様性を持つ特殊ペプチドライブラリーを構築することができるシステム：PDTS（Peptide Discovery Translation System）を作り上げ、さらに特殊ペプチドライブラリーを高速スクリーニングすることを目的として開発したRAPIDディスプレイシステムをPDDS（Peptide Discovery Display System）と位置付け、この3つの独自技術・システムを組み合わせた独自の創薬開発プラットフォームシステム：PDPS（Peptide Discovery Platform System）を構築しました。

＜当社の創薬開発プラットフォームシステムの概念図＞

(注)　なおFITシステムについては、当社においてさらに改良を加え、フレキシザイム技術と組み合わせることによって「PDTS」という独自の翻訳合成系を構築しております。

＜用語解説＞

② 知的財産権（特許等）について

当社は先端研究開発型製薬企業であり、知的財産権の開発・維持・発展は重要な経営ポイントになります。

次の図は、当社の特許ポートフォリオの概念図です。この図のように当社の特許ポートフォリオは、③（及び①・②）の特許をコアにして、周囲を取り囲むように関連する複数の特許・発明（④・⑤・⑥・⑦）で固めることにより、特許（技術）が単独のものとして孤立することなく、当社の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）が「システム」として機能するように設計しております。

＜当社の特許ポートフォリオの概念図＞

(注)　上図の「特許」には特許登録されているものと出願中のものがあります。

さらに、この創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）の特許・発明群を各種ライブラリーの発明が取り囲む形にすることにより、特許ポートフォリオを同心円状に強化することが可能になりました。

コアとなる７つの特許・発明の詳細は次の表のとおりです。①と②はニューヨーク州立大学が出願人であり、③・④・⑤・⑦は国立大学法人東京大学が出願人であり、⑥は当社が出願人であります。その他にライブラリー特許（発明）、ノウハウ特許（発明）、物質特許（発明）があり、それらについても随時権利化（出願）を進めております。

なお、当社は、ニューヨーク州立大学及び国立大学法人東京大学の上記特許について、第三者サブライセンス権（*29）付き独占実施・許諾権（*30）を取得しております。

＜当社の特許ポートフォリオ（*31）＞

①と②はフレキシザイム（Flexizyme）技術開発に関わる基本特許です。③はフレキシザイムそのものに関する特許であり、PDTS（Peptide Discovery Translation System）の中心となる特許であります。

⑥は特殊ペプチドライブラリーを高速スクリーニングすることができるRAPIDディスプレイシステムの特許であり、PDDS（Peptide Discovery Display System）の中心となる特許であります。（現在、当社ではさらなる改良を加えて独自のディスプレイシステムとして活用しています。）

⑦は翻訳合成系にて特殊ペプチドをライブラリー化するFITシステムの発明であり、PDTSの中心となる発明であります。（現在、当社ではさらなる改良を加えて独自の翻訳合成系として活用しています。）

④はペプチド、タンパクが翻訳合成されるとき、Met（メチオニン）というアミノ酸から合成が開始されるという生命の基本的なルールを書き換えることを可能にした技術特許です。この技術特許によりMet（メチオニン）以外のあらゆるアミノ酸から合成を開始することができるようになりました。当社は、この技術により、合成するペプチドの形状を自由に変えることができるようになり、特殊ペプチドに対し従来では考えられなかった多様性を持たせることが可能になりました。

⑤はペプチドを特殊な環状化構造（*32）にする発明です。この技術により特殊ペプチドが生体内での安定性や構造の安定性を確保することができるようになりました。

以上、①から⑦までの特許によって当社独自の創薬開発プラットフォームシステム：PDPS（Peptide Discovery Platform System）が構成されております。

さらに、概念図中「ライブラリー特許」とあるのは、各種、特殊ペプチドライブラリーを作成する技術であり、これらにより特殊ペプチドの可能性を拡大するとともにポートフォリオを強化することができます。ライブラリーの発明は、今後、研究開発の進展によりさらに増加させていくことが可能と考えております。

概念図中「ノウハウ特許」とあるのは、特定の機能を持った特殊ペプチドをスクリーニングする技術であり、各種機能を持ちうる特殊ペプチドを特定の機能に絞り込み、スクリーニングの段階で選別することが可能になりました。

概念図中「物質特許」とあるのは、研究途上で発見された特殊ペプチドの物質特許（発明）であります。当社の通常の共同研究活動では、特殊ペプチドの物質特許（発明）は、創薬開発権利金の支払いと引き換えに、クライアントに対し提供されますが、この発明はクライアントとは関係なく発生したものであります。

＜用語解説＞

(4) 当社のビジネスモデルについて

当社の基本的な共同研究開発契約は、クライアントから標的分子（ターゲットタンパク）を受領し、その標的分子ごとにプロジェクトを設定し、順調に研究開発が進めば一連の複数カテゴリーの売上が立つように設計されております。

次の図（＜当社における一般的な共同研究開発契約の内容と流れ＞）は、当社がクライアント企業と共同研究開発契約を締結する場合の一般的な当社の売上カテゴリーの流れを示したものです。

当社では、当社の創薬開発プラットフォームシステム：PDPSを使うことに対する対価（テクノロジカルアクセスフィー）としてまず「契約一時金（A）」を受領することを原則としております。さらにその後の研究開発にかかる対価として標的分子ごとに「研究開発支援金（B）」を原則として前受にて受領しております。また、追加業務が発生する場合の対価として「追加研究開発支援金（C）」を標的分子ごとに設定しており、プロジェクトによっては（C）の売上が発生します。当社は、これらの金額を初期のディスカバリーステップ時に受領しているため、事業展開の早期から売上を生み出すことができます。

その後、クライアントでの評価により医薬品候補物質が特定され、クライアントが前臨床試験、臨床試験の段階に進む場合には、当該特殊ペプチドを当社がクライアントにライセンスアウトすることの対価として「創薬開発権利金（D）」が発生します。当社がクライアントに対し、あらかじめ定められた一定の条件をクリアした特殊ペプチドを提供した後（すなわち（B）・（C）より後のフェーズ）は、医薬品候補物質に係る開発の進捗はクライアントに委ねられており、当社でのコントロール及び売上予測は極めて困難になるという特徴があります。

＜当社における一般的な共同研究開発契約の内容と流れ＞

（D）以降も引き続き開発が進みクライアントでの評価ステップを経て、臨床試験等の段階に移行すれば、その段階に応じて、各「目標達成報奨金（E）」「売上ロイヤルティ（E）」を当社は受領することになります。「売上ロイヤルティ」では、最終的に上市された医薬品としての売上金額に対して、一定の料率を乗じて得られる額を「売上ロイヤルティ」として当社が受領します。加えて、上市された医薬品の売上高が所定の金額に達した場合には「売上達成報奨金（E）」も受領します。

当社の共同研究開発契約の特徴としては、このように初期のディスカバリーステップから、売上が発生する取り決めとなっていることのほかに、最初の契約締結時において契約一時金から売上ロイヤルティまでのすべての売上カテゴリー（P）に関して、それらの金額又は金額の計算方法が原則として確定的に規定されていることが挙げられます。

これまでのビジネスモデルでは、初期のディスカバリーステップは「フィージビリティースタディ」（*33）と評価され、売上が発生しないケースが多かったと認識しておりますが、当社のビジネスモデルでは、早期に売上を生み出すために上記の契約内容で契約を締結することに注力しております。

当社の事業セグメントは、上記のとおり製薬企業との共同研究開発契約をもとにした「アライアンス事業」１本です。共同研究開発の取り組みを通じて、共同研究開発先からの要望により、共同研究開発先との間で当社の創薬開発プラットフォームシステム：PDPS技術を貸与する（技術ライセンス契約の締結）ことがあります。当該契約を締結した場合、当社はその契約内容に応じて種々のライセンスフィーを共同研究開発先から受領します。

＜用語解説＞

*33 フィージビリティースタディ 計画された事業やプロジェクト、技術等が実現可能か否か、利用することに意義や妥当性があるかを多角的に検討すること。

４ 【関係会社の状況】

該当事項はありません。

５ 【従業員の状況】

(1) 提出会社の状況

平成29年６月30日現在

(注) １．従業員数は、契約社員を含む就業人員であります。

２．全社(共通)と記載されている従業員数は、管理部門の従業員であります。

３．平均年間給与は、賞与及び基準外賃金を含んでおります。

４．単一セグメントであるため、事業部門別の人数を記載しております。

(2) 労働組合の状況

労使組合は結成されておりませんが、労使関係は円満に推移しております。

第２ 【事業の状況】

１ 【業績等の概要】

(1) 業績

当事業年度において、当社は当社独自の創薬開発プラットフォームシステムであるPDPS（Peptide Discovery Platform System）を活用した３つの事業戦略を進めてきました。

１つ目の事業戦略であるPDPSを活用した国内外の製薬企業との創薬共同研究開発契約については、平成29年４月、世界最大級のヘルスケアカンパニーである米国ジョンソン・エンド・ジョンソングループの医薬部門である米国ヤンセンファーマ社との間で、複数の創薬標的タンパク質に対して特殊環状ペプチドを創製する創薬共同研究開発契約を締結いたしました。この結果、創薬共同研究開発契約の締結企業は17社（国内製薬企業６社、海外製薬企業11社）となりました。また、本契約には、PDPSによって創製される特殊環状ペプチドから得られる情報を利用して、ヤンセンファーマ社が低分子医薬品の研究開発に取り組むことが盛り込まれているほか、ペプチド－薬物複合体：PDC（Peptide Drug Conjugate）を利用する権利も含まれています。

さらに個別の創薬共同研究開発プロジェクトからは、クライテリア（共同研究開発先とそれぞれ合意している生物活性及び物性等の基準の総称）を達成したことによるマイルストーンフィーが多数生じています。

平成28年12月には、スイス・ノバルティス社との間で平成25年３月に延長されたプロジェクトにおいて見出された特殊環状ペプチドが、クライテリアを満たし、マイルストーンフィーを受け取りました。

平成29年３月には、米国ブリストル・マイヤーズ スクイブ社とのプロジェクトから５つ目となるリードペプチドを獲得し、マイルストーンフィーを受領しました。また、マイルストーンフィーは発生しておりませんが、平成29年２月に、第一三共株式会社とのプロジェクトにおいて、当社創製のリードペプチドを基に最適化された化合物が、同社によって開発候補化合物として確定されています。

そのほか、次の４社とのプロジェクトにおいて見出された特殊環状ペプチドが、あらかじめ設定していた最初のクライテリアを満たし、マイルストーンフィーを受け取りました。共同研究開発先と認定時期は、帝人ファーマ株式会社（平成28年９月）、塩野義製薬株式会社（平成29年３月）、米国メルク社（平成29年６月）、杏林製薬株式会社（平成29年６月）です。

２つ目の事業戦略であるPDPSを非独占的にライセンス許諾する契約については、平成28年７月に米国ジェネンテック社との間で非独占的に技術ライセンス許諾することで合意しました。また平成29年６月には塩野義製薬株式会社との間で非独占的に技術ライセンス許諾することで合意しました。この結果、PDPSの非独占的ライセンス許諾契約の締結企業は５社（国内製薬企業１社、海外製薬企業４社）となりました。

米国ジェネンテック社への技術移転に関しましては平成29年５月に、米国リリー社への技術移管は平成29年６月にすべて順調に終了しました。これにより、米国ジェネンテック社と米国リリー社は、自社内において特殊環状ペプチドの創製を行うことが可能になりました。

３つ目の事業戦略は、世界中の特別な技術を有する創薬企業・バイオベンチャー企業と戦略的提携（戦略的共同研究開発等）を組むことで、自社の医薬品候補化合物（パイプライン）の拡充を図ることです。当事業年度については新たに２社と契約し、平成28年２月にJCRファーマ株式会社と血液脳関門（Blood-Brain Barrier：BBB）通過を可能とするキャリアーとしての特殊環状ペプチドの創製に関する共同研究契約と合わせて契約企業は合計で３社となりました。平成29年６月に最先端の計算技術を活用し、高速かつ効率的に低分子医薬品候補化合物の獲得を目指すモジュラス株式会社と戦略的創薬研究契約を締結しており、同月に英国ヘプタレス・セラピューティクス社とは、Gタンパク質共役受容体（GPCR）を標的とする新規炎症性疾患治療薬の研究開発・商業化を目的とした戦略的共同研究契約を締結しています。

自社創薬については、特殊環状ペプチドを医薬品として活用するアプローチとして、抗インフルエンザウイルス特殊ペプチド「PD-001」についてGLPに準拠した前臨床試験を開始しております。

特殊環状ペプチドをペプチド－薬物複合体として活用するアプローチについては、HER２（ヒト上皮細胞成長因子受容体２）を標的タンパク質とする抗がん剤の開発を進めています。当事業年度は、国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構（JAXA）との国際宇宙ステーション・「きぼう」日本実験棟における高品質タンパク質結晶生成実験の有償利用契約に基づき、HER２と特殊環状ペプチドを結合させた状態で結晶化させた高品質タンパク質共結晶を得ることに成功し、これをX線結晶構造解析することで高い分解能の３次元構造決定に成功しています。当社は今回得られた３次元構造を用いて新薬設計につなげていく予定です。

以上の結果、当事業年度における売上高は4,895,747千円(前年同期比567,868千円増加)、営業利益2,490,415千円(前年同期比57,664千円減少)、経常利益2,624,446千円(前年同期比252,134千円増加)、当期純利益1,890,750千円(前年同期比309,462千円増加)となりました。

なお、当社の事業は単一のセグメントであるため、セグメント別の記載を省略しています。

(2) キャッシュ・フローの状況

当事業年度における現金及び現金同等物の残高は、前事業年度末に比べ352,470千円減少し、6,556,679千円となりました。

当事業年度における各キャッシュ・フローの状況とそれらの要因は、次のとおりであります。

（営業活動によるキャッシュ・フロー）

営業活動によるキャッシュ・フローは、法人税等の支払額1,161,980千円、売上債権の増加額353,813千円などがあったものの、当事業年度における税引前当期純利益の計上2,624,159千円、 減価償却費の計上174,617円等により、1,530,776千円の収入(前年同期比2,280千円の収入減少)となりました。

（投資活動によるキャッシュ・フロー）

投資活動によるキャッシュ・フローは、有形固定資産の取得による支出1,896,541千円、無形固定資産の取得による支出38,058千円等により、1,939,399千円の支出（前年同期比957,479千円の支出増加）となりました。

（財務活動によるキャッシュ・フロー）

財務活動によるキャッシュ・フローは、自己株式の取得による支出430,869千円があったものの、新株予約権の行使による株式の発行による収入476,449千円により、45,580千円の収入（前年同期比1,697,276千円の収入減少）となりました。

２ 【生産、受注及び販売の状況】

(1) 生産実績

当社は生産を行っておりませんので、記載を省略しております。

(2) 受注実績

当社のアライアンス事業による共同研究は受注形態をとっておりませんので、記載を省略しております。

(3) 販売実績

当事業年度における販売実績は、次のとおりであります。

(注) １．上記の金額には、消費税等は含まれておりません。

２．主な相手先別の販売実績及び当該販売実績の総販売実績に対する割合

 (注）当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きます。

３ 【経営方針、経営環境及び対処すべき課題等】

(1) 会社の経営の基本方針

当社は、独自の創薬プラットフォームシステムPDPS（Peptide Discovery Platform System）を活用し、特殊ペプチドによる創薬を完成させることにより、アンメット・メディカル・ニーズ（未だ有効な治療方法がない医療ニーズ）に応え、世界中にいる疾病で苦しむ方々に貢献することを目的とし、「低分子医薬」、「抗体医薬」に次ぐ第三の「特殊ペプチド医薬」市場の創成に寄与し、世界の医療の進歩に貢献してまいります。

(2) 会社の対処すべき課題

当社は、独自の創薬開発プラットフォームシステム：PDPS（Peptide Discovery Platform System）を活用して、国内外の製薬企業と共同研究開発契約を締結し、特殊ペプチドを活用した創薬を進めています。

当社では、当社が継続企業（ゴーイングコンサーン）として成長し続けるために対処しなければならない課題を以下のように考えております。

（営業活動における課題）

当社は、国内外の製薬企業と友好的かつ経済的な相互関係（共同研究開発体制）を築いており、今後さらなる共同研究開発契約も見込まれています。滞りのない共同研究開発体制を維持・拡大するために研究開発体制の整備・充実と連動した戦略的な営業活動が重要だと考えております。

（研究開発活動における課題）

当社は、創薬開発プラットフォームシステム：PDPS（Peptide Discovery Platform System）を保有・活用しており、現時点においては大きな技術的優位性があると考えております。また、PDPSより創出される特殊ペプチドの活用は大きな可能性を秘めております。現在、当社では特殊ペプチド医薬とともに、特殊ペプチドを基にしたPDC（Peptide Drug Conjugate: ペプチド-薬物複合体）や低分子医薬の開発を進めております。当社は、自社技術の優位性を確保し続けるため、国内外の製薬企業及び研究機関等との共同研究を推進しつつ、平成29年７月から新しい研究所を稼働させるなど、今後も自社内における研究開発及びその態勢の強化を進める所存であります。

（内部管理・統制における課題）

当社は、継続企業（ゴーイングコンサーン）としての企業体質を構築するためには、コーポレート・ガバナンスの強化が重要な課題の一つであると認識しております。平成29年９月には、創業来代表取締役社長を務めてきた窪田規一が代表取締役会長となり、常務取締役のリード・パトリックが代表取締役社長となりました 。また、神奈川県川崎市川崎区殿町に建物延べ床面積が従来の８倍の規模となる本社・研究所を開設しております。こうした経緯を踏まえて、経営の効率化を図り、経営の健全性、透明性を高めるべく、内部管理・統制態勢の見直しを進めております。長期的、安定的かつ継続的に株式価値を向上させることが、株主の皆様をはじめ、すべてのステークホルダーの皆様から信頼をいただく条件であると考え、俊敏さも兼ね備えた全社的に効率化された組織についても配慮しながらも業務執行の妥当性、管理機能の効率性・有効性を心がけ、今後も改善に努める所存であります。

４ 【事業等のリスク】

当社の事業展開その他に関するリスク要因となる可能性があると考えられる主な事項を以下に記載しております。また、当社として必ずしも重要なリスクと考えていない事項及び具体化する可能性が必ずしも高くないと想定される事項についても、投資判断の上で又は当社の事業活動を理解する上で重要と考えられる事項については、投資家に対する積極的な情報開示の観点から開示しております。当社は、これらのリスク発生の可能性を認識した上で、発生の回避及び発生した場合の対応に努める方針でありますが、リスクの発生をすべて回避できる保証はありません。また、以下の記載内容は当社のリスクすべてを網羅するものではありませんのでご留意ください。

なお、本項記載の将来に関する事項は、本書提出日現在において当社が判断したものであり、不確実性を内包しているため、実際の結果とは異なる可能性があります。

(1) 事業環境に由来するリスク

① 特殊ペプチドの医薬品としての可能性について

当社の特殊ペプチドは、タンパク質の合成に利用される20種類のL体のアミノ酸のみならず、特殊アミノ酸と呼ばれるD体のアミノ酸やNメチルアミノ酸等を含んでいます。この性質により、当社は多様性のある特殊ペプチドのライブラリーを作製することができ、その中からターゲットタンパクに対して強い結合力・特異性を有し、高い生体内安定性を保ち、細胞膜透過性をも有する特殊ペプチドを創製することができます。

このような特質から、当社の特殊ペプチドは、新たな医薬品候補物質として期待されており、製薬会社との契約に結びついております。

当社の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）が稼働を開始したのは、平成22年であります。医薬品は基礎研究から製造販売承認等を取得するまでに、通常、多大な開発費用と10年以上の長い年月を必要とします。当社の特殊ペプチド創薬開発技術は、まだ生まれて日が浅いため、当社の特殊ペプチドからこれまでに新薬が承認された実績はありません。（ただし、自然界に存在する特殊アミノ酸を組み込んだ有機化合物から新薬が承認された実績があります。たとえば、昭和58年（1983年）にスイスのSandoz（サンド）社から発売された免疫抑制剤「Sandimmun（サンディミュン）」は、ノルウェー南部のハルダンゲル高原の土壌から発見された真菌が産生していた特殊な構造のペプチド（シクロスポリン）から作られています。）

将来において、当社の特殊ペプチドによる新薬開発実績が生み出せなかった場合や当社の特殊ペプチド創薬技術がクライアントの医薬品開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

② 技術革新について

当社の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）は、特殊ペプチドを医薬品候補物質として運用するために必要となる一連の技術（（A）特殊ペプチドを創製し、（B）低分子医薬及び抗体医薬を超える多様性を持ったライブラリーを構築し、（C）高速でスクリーニングを行う技術。）を組み込んでおり、この（A）から（C）のいずれの技術をとってみても、同じくペプチドを医薬品候補物質として扱っている他社の技術と比べ、優位性を保っているものと考えております。

しかしながら、技術は日々進歩するものであり、当社の特許技術に抵触しない技術をもって当社PDPSを上回る技術が開発されることも考えられます。

当社としては、PDPSを継続的に発展させるため、研究開発を積極的に実施し、PDPSに必要な知的財産権の確保に努めていく方針でありますが、当社PDPSを上回る技術が開発された場合には、当社の競争優位性が低下する結果、当社の希望する条件でクライアントとの間で契約を締結することができなくなる可能性が増加するなど、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

(2) 事業内容に由来するリスク

① 特殊ペプチド医薬をベースにした事業であることについて

当社は、従来、特殊ペプチド医薬に特化して事業を展開しておりました。そのため、当社の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）により創製される特殊ペプチドは、新規性・進歩性を有するオリジナリティの高いものであり、容易に代替技術が生まれて当社の存在価値が危ぶまれるような事態になることは想定し難いと考えておりますが、特殊ペプチドに対する製薬企業の評価が変化した場合や当社の特殊ペプチド創薬技術がクライアントの医薬品開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

近時は特殊ペプチドを探索マーカーとして活用することによって、低分子医薬の開発につなげることができることがわかっており、PDPSの応用範囲が以前に比べて大幅に広がっております。そのため、特殊ペプチドに特化していた事業内容が変わりつつあり、特殊ペプチドをベースとしてPDPSを創薬研究開発の基盤として当業界に広めていき、特殊ペプチドのみならず低分子医薬の開発にも活用していこうという展開を試みています。こうした、低分子医薬の開発に貢献できない事態が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

② 複数の製薬企業との共同研究開発を実施していることについて

本書提出日現在、当社の共同研究開発契約先は17社（国内６社、海外11社）あります。それぞれの製薬会社は、独自の創薬開発ターゲットを保有しており、当社はその研究開発について提案を受けて推進していくことになりますが、まれに各製薬企業間で創薬開発ターゲットが競合してしまうことがあります。競合が生じたときは、当社が各製薬企業との間に立って差配することにより、トラブルを未然に防止しており、現在までにトラブルが生じた事例はありません。

しかし、今後、その調整が困難になる事態が生じた場合、当社は新たな共同研究開発契約や新たなターゲットタンパクが獲得できないなど、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

③ 収益計上について

当社の共同研究開発契約に係る売上カテゴリーは、原則として（A）契約一時金（テクノロジカルアクセスフィー）に始まり順次、（B）研究開発支援金、（C）追加研究開発支援金、（D）創薬開発権利金、（E）各種目標達成報奨金（マイルストーン）、（F）売上ロイヤルティ、（G）売上達成報奨金で構成されております。

（A）契約一時金（テクノロジカルアクセスフィー）、（B）研究開発支援金及び（C）追加研究開発支援金は当社の事業活動に依拠する部分が大きいものの、特に（B）及び（C）について、クライアントの方針転換等の影響を受けてプロジェクトが終了し、それ以降の収益が計上できないことがあります。また、（A）は、相対的に（B）及び（C）よりも額が大きく、一度に売上が計上されるため、当社の経営成績は（A）の計上に少なからず影響を受けることになります。

（D）創薬開発権利金や（E）各種目標達成報奨金に至っては、クライアントにおける業務の進行状況に大きく依存するものであり、当社でのコントロールは極めて困難な売上カテゴリーであります。

そのため、当社の計画に対してクライアントにおける研究開発の進捗が遅れた場合やクライアントの研究開発方針に変更等があった場合、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

④ 法的な紛争の可能性について

当社は、事業を展開する上で、第三者の権利若しくは利益を侵害した場合又は侵害していない場合でも相手側が侵害したと考える場合には、損害賠償等の訴訟を提起されるなど法的な紛争が生じる可能性があります。

本書提出日現在、法的な紛争は生じておりませんが、海外のバイオベンチャー企業１社から当社の事業が同社の特許権に抵触する旨の主張がなされており、将来的には同社と法的な紛争に至る可能性があります。また、当社の側から、同社の特許の無効化を図るために先制的に法的な手続きをとる可能性も否定できません。今後、当社と第三者との間に法的な紛争が生じた場合、紛争の解決に労力、時間及び費用を要するほか、法的紛争に伴うレピュテーションリスクにさらされる可能性があり、その場合、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

また、将来的な事業展開においては、他社が保有する特許権等への抵触により、事業上の制約を受けるなど、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

さらに、これまでのところ当社が製薬企業と共同研究開発した特殊ペプチド医薬品が上市にまで至った事例は未だありませんが、今後、万が一、当社が共同研究開発に携わった医薬品において健康被害が引き起こされた場合には、そのネガティブなイメージにより、当社及び当社の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）に対する信頼性に悪影響が生じ、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

⑤ 経営上の重要な契約について

当社の事業展開上、重要と思われる契約が、当該契約が解除又はその他の事由に基づき終了した場合又は契約の相手方の経営方針が変更された場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

なお、共同研究開発契約に係る金員（当社から見たときは売上に該当）は、原則として当社が前金として受領しており、これらの金員について当社は契約が中途終了する場合でも返還義務を負っておりません。その反面、共同研究開発契約先は、契約の解除について任意（自由）に実行することができる契約内容となっております。

⑥ 共同研究開発契約先への依存について

当社アライアンス事業における収益は、ほとんどが共同研究開発契約先（クライアント）からのものでありますが、今後、これらのクライアントとの間で新たな標的分子に係る共同研究開発が開始されない場合や、共同研究開発の結果がクライアントの要求水準を満たせない場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

また、当社がライセンスアウトしたリード化合物は、クライアントが主体となって臨床試験及び承認申請を行うことになりますが、その進捗と結果が当社の事業戦略及び経営成績に大きな影響を及ぼします。当社は、ライセンスアウト後もクライアントをサポートしますが、臨床試験及び承認申請はクライアントが行うものであって、当社でコントロールすることはできません。したがって、臨床試験及び承認申請の進捗が当社の予期しない事由により遅滞したり、臨床試験及び承認申請が断念される等の可能性があります。

さらに、製造販売承認後の販売計画はクライアントに依存しており、クライアントの経営方針や販売計画の変更、経営環境の悪化等により販売計画を達成できない等の可能性があります。

そのほか、医薬品の研究開発には多額の資金が必要となることから、当業界においては組織再編やM&Aが盛んであり、クライアントが組織再編を行ったり、競合他社を買収する（競合他社から買収される）など、業界における競争の構図が短期間に塗り替えられる可能性があります。こうした大規模な企業組織再編が当社のクライアントに生じた場合、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

⑦ 自社パイプライン（自社創薬）について

当社では、特殊ペプチドの特性を活かした自社パイプライン（自社創薬）の研究開発を進めています。

現在のところ、開発の方向性としては、特殊ペプチドを医薬品として活用するアプローチと特殊ペプチドの持つ優れた選択性を活かして他の薬剤を誘導するPDC（Peptide Drug Conjugate）薬剤を開発するアプローチをとっております。また、特殊ペプチドを探索マーカーとして活用することによって、低分子医薬の開発につなげることができることから、自社パイプラインにおいても低分子医薬品の開発に着手しております。

特殊ペプチドを医薬品として活用する取り組みの成果として平成26年４月に新しい抗インフルエンザ剤に係る取り組みについて公表し、平成27年２月にはその進捗状況について公表いたしました。その後、平成28年６月に従前の特殊環状ペプチドの薬剤活性と体内動態を飛躍的に改良した開発ナンバー「PD-001」を新たな開発候補特殊環状ペプチドと定め、GLPに準拠した原体の入手に伴ってGLP準拠の前臨床試験を行う旨公表しております。

PDCについては、平成28年６月期から本格的に着手し、すでに複数の製薬企業と共同研究を進めております。

自社パイプラインについては、研究開発が順調に進展し、臨床試験まで当社の負担で実施する場合には、多額の開発費用を要する状態になる可能性があります。また、自社パイプラインの研究開発が順調に進展しない場合には、将来の事業化のオプションを一部失う可能性があります。

⑧ 他社との戦略的提携・企業買収等の成否について

当社は、競争力の強化及び事業分野の拡大等のため、他社の事業部門の譲受け、他社の買収、他社との業務提携、合弁会社の設立、他社への投資等の戦略的提携など（以下「戦略的提携等」といいます。）を行うことがあります。こうした戦略的提携等については、パートナー企業との思惑に相違が生じて提携・統合が円滑に進まない可能性や当初期待していた効果が得られない可能性、投資した金額の全部又は一部が回収できない可能性等があります。また、パートナー企業が当社の利益に反する決定を行う可能性があり、パートナー企業が事業戦略を変更した場合など、当社は戦略的提携等の関係を維持することが困難になる可能性があり、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

(3) 知的財産権について

① 特許の取得・出願状況について

当社は事業において様々な発明及び特許権を実施しておりますが、これらは当社、国立大学法人東京大学又はニューヨーク州立大学により登録済みになっているものと審査中のものがあります。

しかしながら、出願中の発明すべてについて特許査定がなされるとは限りません。また、特許権を設定登録した場合でも、特許異議申立制度により請求項が無効化される可能性があります。また、特許権侵害訴訟の提起や特許無効審判が請求されるなど特許権に係る法的な紛争が生じ、当社が実施する権利に何らかの悪影響が生じる可能性があります。本書提出日現在、当社が実施権を有する特許の１つについて特許異議の申立てがされています。また、当社が実施する特許権を上回る優れた技術の出現により、当社が有する特許権に含まれる技術が陳腐化する可能性があります。こうした事態が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

そのほか、当社は、国立大学法人東京大学又はニューヨーク州立大学が出願人である発明又は特許権に関して、契約により第三者サブライセンス権付き独占実施・許諾権を獲得しておりますが、当該契約の内容が変更されたり、期間満了や解除等により契約が終了した場合等にも、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

② 職務発明に対する社内対応について

当社が職務発明の発明者である役職員等から特許を受ける権利を譲り受けた場合、当社は特許法に定める「相当の利益」を支払うことになります。当社では、その取扱いについて社内規則等でルールを定めており、これまでに発明者との間で問題が生じたことはありません。しかしながら、職務発明の取扱いにつき、相当の利益の支払請求等の問題が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

(4) 医薬品の研究開発事業一般に関するリスク

① 医薬品開発の不確実性について

一般に医薬品の開発には多額の研究開発投資と長い時間を要するだけでなく、その成功確率も他産業に比して著しく低い状況にあります。研究開発の初期段階において有望だと思われる化合物であっても、前臨床試験や臨床試験の過程で有用な効果を発見できないこと等により研究開発が予定どおりに進行せず、開発の延長や中止を行うことがあります。開発を延長した場合には、追加の資金投入が必要になるほか、特許権の存続期間満了までの期間が短くなり、投資した資金の回収に影響を及ぼします。また、開発を中止した場合には、それまでに投じた研究開発資金が回収できなくなることになります。

② 副作用発現に関するリスクについて

医薬品は、臨床試験段階から上市後に至るまで、予期せぬ副作用が発現する可能性があります。これら予期せぬ副作用が発現した場合、信用力の失墜、訴訟の提起等により、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

③ 薬事法その他の薬事に関する規制について

医薬品業界は、研究、開発、製造及び販売のそれぞれの事業活動において、各国の薬事法（わが国においては「医薬品医療機器等法」）及びその他の関連法規等により、様々な規制を受けております。

現在のところ、当社のパイプラインは研究開発段階にあり、わが国の厚生労働省、アメリカ食品医薬品局(FDA)、欧州医薬品庁(EMA)等から上市のための認可は受けておりませんが、今後、各国の薬事法等の諸規制に基づいて医薬品の製造販売承認申請を行い、承認を取得することを目指しております。

そのため、自社のパイプラインについて上記の規制をクリアするための体制整備が求められることになります。また、各国の薬事法及びその他の関連法規等は随時改定がなされるものであり、これらの変化が当社の生み出す特殊ペプチドにとって有利又は不利に働いたり、さらなる体制の整備・変更を求められることが考えられます。

こうした規制への対応が当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼすことになります。

④ 製造物責任について

医薬品の開発及び製造には、製造物責任のリスクが内在しています。将来、開発したいずれかの医薬品が健康障害を引き起こし、又は臨床試験、製造、営業若しくは販売において不適当な事象が発見された場合、当社は製造物責任を負うこととなり、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

また、製造物責任賠償請求がなされることによるネガティブなイメージにより、当社及び当社の医薬品に対する信頼に悪影響が生じ、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

⑤ 医薬品行政について

医療用医薬品の販売価格は、日本及びその他各国政府の薬価に関する規制の影響を受けます。当社では、これまでのところ自社で臨床試験を実施したことがなく、早期に開発候補化合物をクライアントに導出する方針を採用しています。そのため、当社は薬価戦略についてはクライアントに依存しており、日本及びその他各国政府の薬価政策の影響を間接的に受ける立場にあります。当社の開発候補化合物が上市された場合において、当該医薬品にとってネガティブな薬価改定やその他の医療保険制度の改定があった場合は、当社の財政状態及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

(5) 人材及び組織に由来するリスク

① 小規模組織であることについて

当社は役員８名（取締役(監査等委員である取締役を除く。)５名、監査等委員である取締役３名）、従業員60名（平成29年６月30日現在）と小規模であり、内部管理体制も相応の規模となっております。当社においては、業務上必要な人員の増強及び内部体制の充実を図っていく方針でありますが、人材流出が生じた場合及び代替要員の不在等の問題が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

② 人材の確保について

当社は、創薬基盤技術の深化、創薬研究開発の進展を図るには、研究開発分野における専門的な知識・技能をもった優秀な人材の確保が必要であると考えております。

当社の想定した人材の確保に支障が生じた場合、又は優秀な人材の社外流出が生じた場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

(6) その他に由来するリスク

① 社歴が浅いことについて

当社は、平成18年７月に設立された社歴が浅い会社であることから、業績の期間比較を行うための十分な財務数値が得られておりません。したがって、過年度の経営成績及び財政状態だけでは今後の当社の業績を判断する材料としては十分な期間とは言えないものと考えます。

なお、アライアンス事業は第５期（平成23年６月期）から本格的に開始したものであり、特殊ペプチド医薬品が上市にまで至った事例はありません。

② 新株予約権の行使による株式価値の希薄化について

当社は、役員、従業員及び取引先等に対し新株予約権を付与しております。これらの新株予約権が権利行使された場合、当社株式が新たに発行され、既存の株主が有する株式の価値及び議決権割合が希薄化する可能性があります。本書提出日現在、権利行使が可能な状態にある新株予約権による潜在株式数は9,896,000株であり、発行済株式数及び潜在株式数の合計の8.24％に相当しております。

③ 配当政策について

当社は配当による株主様への利益還元も重要な経営課題だと認識しております。

当社は、将来においても安定的な収益の獲得が可能であり、かつ、研究開発資金を賄うに十分な利益が確保できる場合には、将来の研究開発活動等に備えるための内部留保充実の必要性等を総合的に勘案した上で、利益配当についても検討してまいります。

④ 情報管理について

当社の事業は、クライアントである製薬企業からターゲットタンパクの情報を預かる立場にあります。そのため、当社は、当社の従業員との間において顧客情報を含む会社の情報に係る誓約書を徴求し、会社情報の漏えいの未然防止に努めております。

しかしながら、万一顧客の情報を含む会社の情報が外部に漏えいした場合は、当社の信用低下を招き、当社の事業等に影響を及ぼす可能性があります。

⑤ 外国為替相場の変動について

当社のクライアントには海外の製薬企業が多いことから、売上高の多くが外国通貨建て（主に米ドル建て）となっており、為替変動の影響を受けます。したがって、為替相場が変動した場合には、当社の経営成績及び財政状態に影響を及ぼすことになります。

⑥ 自然災害等の発生

当社は、神奈川県川崎市川崎区殿町に本社・研究所を設置しており、事業活動や研究開発活動に関する設備及び人員が現所在地に集中しております。このため、現所在地の周辺地域において、地震、噴火、水害等の自然災害、大規模な事故、テロ等が発生し、当社設備の損壊、各種インフラの供給制限等の不測の事態が発生した場合には、当社の事業戦略及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

⑦ 本社・研究所の建設と本店移転について

当社は、事業の拡大及び研究開発機能の強化のため、新たに神奈川県川崎市川崎区殿町に本社・研究所を建設し、平成29年７月から稼働を開始しています。新しい設備・機器等を導入して運用することになるため、移転初年度においては従業員がそれらの取り扱いに習熟していないなど一定のオペレーショナルリスクが存在しています。また、設備管理等に予想を超える費用を要したり、追加の人員が必要になる事態が生じるおそれがあります。これらのリスクが顕在化した場合、当社の財政状態及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

⑧ CMO（Contract Manufacturing Organization：医薬品製造受託機関）の立ち上げについて

当社は、平成29年９月に塩野義製薬株式会社・積水化学工業株式会社とともに合弁会社としてCMO（商号：「ペプチスター株式会社 」。以下「ペプチスター」といいます。）を大阪府摂津市に設立します。

現在、特殊ペプチド医薬品の研究開発が国内外の製薬企業において進められていますが、高品質な特殊ペプチド原薬を低コストで安定供給できるCMOが世界的に見ても存在しておりません。こうした状況のもと、特殊ペプチド医薬品について専門的な技術を持つCMOを設立することは、当社の事業の推進に、ひいては特殊ペプチド医薬品市場の拡大に貢献できるものと考えています。合弁事業に参画する各国内企業が持つ最先端技術をこのペプチスターに戦略的に結集することで、特殊ペプチド医薬品の開発・販売に係るボトルネックの解消を目指します。

当社は、ペプチスターに対して15億円から19億円程度を出資する予定があります。また、当社はペプチスターの債務に対して債務保証をする予定であり、かつ、同社に代表取締役を派遣していることから、ペプチスターは当社の関連会社となります。そのため、当社が投資時点において想定したとおりにペプチスターが事業を展開できない場合、株式の減損処理が発生するなど、当社の財政状態及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

⑨ 風説・風評の発生

当社や当社の関係者、当社の取引先等に対する否定的な風説や風評が、マスコミ報道、アナリストレポートやインターネット上の書き込み等により発生・流布した場合、それが正確な事実に基づいたものであるか否かにかかわらず、当社の社会的信用に影響を与える可能性があります。当社や当社の関係者、当社の取引先等に対して否定的な風説・風評が流布した場合には、そのネガティブなイメージにより、当社に対する信頼性に悪影響が生じ、当社の財政状態及び経営成績に影響を及ぼす可能性があります。

５ 【経営上の重要な契約等】

(1)  基盤技術に関する独占ライセンス契約

(注) 上記契約の対価として一定料率のロイヤルティを支払っております。

(2) アライアンス（共同研究開発）契約

(注) Cambridge Antibody Technology Ltd.及びMedImmune Ltd.は、AstraZeneca Plc.の子会社であります。１次契約はCambridge Antibody Technology Ltd.と、２次契約はMedImmune Ltd.と、３次契約はAstraZeneca Plc.と締結しております。

(3) 技術ライセンス契約（技術貸与）

６ 【研究開発活動】

当社の研究開発部門は、３つのグループ（創薬開発グループ、合成グループ、先端開発グループ）によって構成されています。創薬開発グループの役割は、クライアントである国内外の製薬企業と協働しながら当社独自の創薬開発プラットフォームシステム：PDPS（Peptide Discovery Platform System）を駆使して、クライアントから提供された創薬ターゲットに対して強く結合する特殊ペプチドを探索し、最適なヒットペプチドを見つけ出すことにあります。合成グループは、PDPSによって見出されたヒットペプチドの合成や精製・品質管理等の業務を担うとともに特殊ペプチド（ヒットペプチド）の特性から得られる情報をもとに新しい低分子医薬品の開発も担っています。

先端開発グループでは、PDCを中心とした自社創薬に係る研究開発を実施しておりますが、当社の研究開発費は同グループにおける発生費用を対象にしています。当事業年度における研究開発費は、362,681千円となっています。

自社創薬に係る研究開発の例として、特殊ペプチドを医薬品として活用するアプローチ（特殊ペプチド創薬）として、平成28年６月に抗インフルエンザ特殊ペプチドPD-001の前臨床試験を開始しています。また、当社では、特殊ペプチドの持つ優れた選択性を活かして他の薬剤を誘導するPDC（Peptide Drug Conjugate）薬剤を開発するConjugate創薬については、HER２（ヒト上皮細胞成長因子受容体２）を標的タンパク質とする抗がん剤の開発にも取り組んでいます。

また、当社は、世界中の特別な技術を有する製薬企業、バイオベンチャー企業、アカデミア等の研究機関と戦略的提携を組むことで、自社のパイプラインの拡充を図っています。これまでにJCRファーマ株式会社と血液脳関門（Blood-Brain Barrier：BBB）通過を可能とするキャリア－ペプチドの創製を、モジュラス株式会社と最先端の計算化学を駆使した低分子化合物のデザインを、また英国ヘプタレス・セラピューティクスとGタンパク質共役受容体（GPCR）を標的とする新規炎症性疾患治療薬の研究開発を行っています。

７ 【財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析】

文中の将来に関する事項は、本書提出日現在において当社が判断したものであります。

(1) 重要な会計方針及び見積り

当社の財務諸表は、我が国において一般に公正妥当と認められる会計基準に基づき作成されています。この財務諸表の作成にあたりまして、当事業年度末日における資産及び負債、会計期間における収益及び費用について会計上の見積もりを必要としております。この見積もりに関しては、過去の実績及び適切な仮定に基づいて合理的に計算しておりますが、実際の結果と相違する場合があります。

(2) 財政状態の分析

　(資産)

当事業年度末における総資産は前事業年度末に比べ、1,672,050千円増加し、13,628,452千円となりました。この主な要因は、現金及び預金の減少352,470千円、売掛金の増加353,813千円、有形固定資産の増加1,716,981千円等によるものであります。

　(負債)

負債は前事業年度末に比べ、265,994千円減少し、1,447,650千円となりました。この主な要因は、未払法人税等の減少464,496千円、前受金の減少115,751千円、役員株式給付引当金の増加100,000千円等によるものであります。

　(純資産)

純資産は前事業年度末に比べ、1,938,045千円増加し、12,180,801千円となりました。この主な要因は、自己株式を430,869千円計上したことにより減少したものの、利益剰余金の増加1,890,750千円、資本金の増加240,585千円、資本剰余金の増加240,585千円等によるものであります。

(3) キャッシュ・フローの状況

キャッシュ・フローの状況の分析については、「第２　事業の状況　１　業績等の概要」をご参照ください。

(4) 経営成績の分析

経営成績の分析については、「第２　事業の状況　１　業績等の概要」をご参照ください。

(5) 戦略的現状と見通し

当社は独自の創薬開発プラットフォームシステム（PDPS）を活用して、国内外の製薬企業との共同研究開発活動（アライアンス事業）を推進してまいりました。バイオベンチャー企業を取り巻く経営環境の厳しい中、順調な売上を計上しております。

今後も、現在進捗中のアライアンス事業の成果を出していくことにより、さらなる売上、契約の獲得ができるものと考えております。

(6) 経営成績に重要な影響を与える要因について

経営成績に重要な影響を与える要因については、「第２　事業の状況　４　事業等のリスク」をご参照ください。

(7) 経営者の問題認識と今後の方針について

当社は、技術主導型企業として知的財産の獲得及び特許ポートフォリオの形成に注力してまいりました。その結果、独自の知財及び特許戦略を構築することができ、当社事業の基盤となっております。しかしながら、技術革新は日進月歩であります。現在の好調な事業進捗に甘んじることなく、最新技術の動向を把握しつつ、合理的かつ迅速な戦略構築に努める所存であります。

一方、創薬の研究開発には、長い時間と多額の開発資金が必要になります。当社はそのリスクを軽減する意味からも、事業の柱としてアライアンス事業を推進してまいりました。

今後の方針については、平成29年８月23日に当社のウェブサイトに公表している「2017年6月期決算説明会資料」をご参照ください。

第３ 【設備の状況】

１ 【設備投資等の概要】

当事業年度の設備投資については、研究開発の充実・強化などを目的として総額1,890,364千円の設備投資を実施いたしました。

２ 【主要な設備の状況】

平成29年６月30日現在

(注) １．現在休止中の主要な設備はありません。

２．上記の金額には消費税等は含まれておりません。

３ 【設備の新設、除却等の計画】

(1）重要な設備の新設等

(注) １．完成後の増加能力については、計数的把握が困難であるため、記載を省略しております。

２．本社研究所は、平成29年７月に完成し、稼働しております。

(2）重要な設備の除却等

　該当事項はありません。

第４ 【提出会社の状況】

１ 【株式等の状況】

(1) 【株式の総数等】

① 【株式の総数】

　(注)平成29年６月13日開催の当社取締役会の決議により、平成29年７月１日付で株式分割に伴う定款変更が行われ、発行可能株式総数は171,200,000株増加し、342,400,000株となっております。

② 【発行済株式】

(注) １. 提出日現在発行数には、平成29年９月１日からこの有価証券報告書提出日までの新株予約権の行使により発　行された株式数は、含まれておりません。

２. 当社は、平成29年６月13日開催の当社取締役会の決議に基づき、平成29年７月１日付で普通株式１株につき２株の割合で株式分割を行っております。

(2) 【新株予約権等の状況】

当社が会社法に基づき発行した新株予約権は、次のとおりであります。

第２回新株予約権（平成19年4月27日開催株主総会決議）

(注) １．当社が株式分割又は株式併合を行う場合には、新株予約権の目的たる株式の数は次の算式により調整されるものとします。ただし、この調整は、当該時点で権利行使をしていない本新株予約権の目的たる株数についてのみ行われ、調整の結果１株未満の端数が生じた場合はこれを切り捨てるものとします。

　　また、当社が株式の無償割当を行う場合、他社と吸収合併若しくは新設合併を行う場合、当社が他社との株式交換若しくは株式移転を行う場合、又は、当社が吸収分割若しくは新設分割を行う場合、当社は未行使の新株予約権の目的たる株式の数について合理的に必要と認める調整を行うことができるものとします。

２．当社が普通株式につき株式分割又は株式併合を行う場合には、次の算式により行使価額を調整し、調整により生ずる１円未満の端数は切り上げるものとします。

    また、当社が時価を下回る価額で新株の発行を行う場合は、次の算式により行使価額を調整し、調整により生じる１円未満の端数は切り上げるものとします。

　　上記のほか、次の各号に該当する場合には、新株予約権者に対して、あらかじめその旨並びにその事由、調整後の行使価額及び適用の日その他必要な事項を通知した上、行使価額の調整を適切に行うものとします。ただし、事前の通知が不可能又は著しく困難である場合には、当社は事後速やかに通知します。

(1) 合併、株式交換、株式移転、会社分割、株式の無償割当若しくは資本減少のために行使価額の調整を必要とするとき。

(2) 前号のほか、会社の発行済株式数の変更若しくは自己株式の処分又はこれらの可能性を生ずる事由の発生によって行使価額の調整を必要とするとき。

３．平成29年６月13日開催の取締役会決議により、平成29年７月１日付をもって普通株式１株を２株にする株式分割を行っております。「新株予約権の目的となる株式の数」、「新株予約権の行使時の払込金額」、「新株予約権の行使により株式を発行する場合の株式の発行価格及び資本組入額」は、調整後の内容となっております。

第５回新株予約権（平成23年4月26日開催株主総会決議）

(注) １．当社が株式分割又は株式併合を行う場合には、新株予約権の目的たる株式の数は次の算式により調整されるものとします。ただし、この調整は、当該時点で権利行使をしていない本新株予約権の目的たる株数についてのみ行われ、調整の結果１株未満の端数が生じた場合はこれを切り捨てるものとします。

　　また、当社が株式の無償割当を行う場合、他社と吸収合併若しくは新設合併を行う場合、当社が他社との株式交換若しくは株式移転を行う場合、又は、当社が吸収分割若しくは新設分割を行う場合、当社は未行使の新株予約権の目的たる株式の数について合理的に必要と認める調整を行うことができるものとします。

２．当社が普通株式につき株式分割又は株式併合を行う場合には、次の算式により行使価額を調整し、調整により生ずる１円未満の端数は切り上げるものとします。

    また、当社が時価を下回る価額で新株の発行を行う場合は、次の算式により行使価額を調整し、調整により生じる１円未満の端数は切り上げるものとします。

　　上記のほか、次の各号に該当する場合には、新株予約権者に対して、あらかじめその旨並びにその事由、調整後の行使価額及び適用の日その他必要な事項を通知した上、行使価額の調整を適切に行うものとします。ただし、事前の通知が不可能又は著しく困難である場合には、当社は事後速やかに通知します。

(1) 合併、株式交換、株式移転、会社分割、株式の無償割当若しくは資本減少のために行使価額の調整を必要とするとき。

(2) 前号のほか、会社の発行済株式数の変更若しくは自己株式の処分又はこれらの可能性を生ずる事由の発生によって行使価額の調整を必要とするとき。

３．当社が、合併（当社が合併により消滅する場合に限る。）、吸収分割、新設分割、株式交換又は株式移転（以上を総称して以下、「組織再編行為」という。）を行う場合において、組織再編行為の効力発生日に新株予約権者に対し、それぞれの場合につき、会社法第236条第１項第８号イからホまでに掲げる株式会社（以下、「再編対象会社」という。）の新株予約権を以下の条件に基づきそれぞれ交付することとします。ただし、以下の条件に沿って再編対象会社の新株予約権を交付する旨を、吸収合併契約、新設合併契約、吸収分割契約、新設分割計画、株式交換契約又は株式移転計画において定めた場合に限るものとします。

(1) 交付する再編対象会社の新株予約権の数

新株予約権者が保有する新株予約権の数と同一の数をそれぞれ交付するものとします。

(2) 新株予約権の目的である再編対象会社の株式の種類

再編対象会社の普通株式とするものとします。

(3) 新株予約権の目的である再編対象会社の株式の数

組織再編行為の条件を勘案のうえ、(注)２に準じて決定するものとします。

(4) 新株予約権の行使に際して出資される財産の価額

交付される各新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、組織再編行為の条件等を勘案のうえ、新株予約権割当契約書に定める各新株予約権の行使に際して払込みをなすべき額で定められる行使価額を調整して得られる再編後行使価額に、上記(3)に従って決定される当該新株予約権の目的である再編対象会社の株式の数を乗じた額とするものとします。

(5) 新株予約権を行使することができる期間

新株予約権の権利行使期間の初日と組織再編行為の効力発生日のうち、いずれか遅い日から新株予約権の権利行使期間の末日までとするものとします。

(6) 譲渡による新株予約権の取得の制限

譲渡による取得の制限については、再編対象会社の取締役会の決議による承認を要するものとします。

(7) その他新株予約権の行使の条件

新株予約権の行使条件に準じて決定するものとします。

(8) 新株予約権の取得事由及び条件

新株予約権の取得に関する事項に準じて決定するものとします。

(9) その他の条件については、再編対象会社の条件に準じて決定するものとします。

４．平成29年６月13日開催の取締役会決議により、平成29年７月１日付をもって普通株式１株を２株にする株式分割を行っております。「新株予約権の目的となる株式の数」、「新株予約権の行使時の払込金額」、「新株予約権の行使により株式を発行する場合の株式の発行価格及び資本組入額」は、調整後の内容となっております。

(3) 【行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の行使状況等】

該当事項はありません。

(4) 【ライツプランの内容】

該当事項はありません。

(5) 【発行済株式総数、資本金等の推移】

(注)  １.新株予約権（ストック・オプション及び自社株式オプション）の行使によるものであります。

 ２.有償第三者割当増資

　　　　　　発行価格　　　113,487円
　　　　資本組入額　　 56,812円

　　　　    割当先　　　　Novartis Pharma AG （スイスノバルティス社）

 ３.平成25年１月11日開催の取締役会決議により、平成25年２月13日付をもって普通株式１株を100株にする株式分割を行っております。

 ４.有償一般募集(ブックビルディング方式による募集)
        発行価格        2,500円
        引受価額        2,300円
        資本組入額      1,150円

 ５.有償第三者割当増資

　　　　　　発行価格　　　  2,300円
　　　　資本組入額　　  1,150円

　　　　    割当先　　　　　みずほ証券株式会社

 ６.平成27年６月９日開催の当社取締役会の決議に基づき、平成27年７月１日付で普通株式１株につき４株の株式分割を行っております。

 ７.平成29年６月13日開催の当社取締役会の決議に基づき、平成29年７月１日付で普通株式１株につき２株の株式分割を行っております。これにより発行済株式総数は57,309,200株増加して114,618,400株となっております。

 ８.平成29年７月１日から平成29年８月31日までの間に、新株予約権の行使により、発行済株式総数が5,496,000株、資本金が30,722千円及び資本準備金が30,722千円増加しております。

(6) 【所有者別状況】

平成29年６月30日現在

(7) 【大株主の状況】

平成29年６月30日現在

(注)　上記の所有株式数のうち、信託業務に係る株式数は次のとおりであります。

(8) 【議決権の状況】

① 【発行済株式】

平成29年６月30日現在

（注）資産管理サービス信託銀行株式会社（信託Ｅ口）が所有する当社株式75,100株（議決権の数751個）につきましては、「完全議決権株式（その他）」に含めて表示しております。

② 【自己株式等】

平成29年６月30日現在

(注) 資産管理サービス信託銀行株式会社（信託Ｅ口）が所有する当社株式75,100株は、上記自己名義株式数として記載しておりません。

(9) 【ストックオプション制度の内容】

該当事項はありません。

(10) 【従業員株式所有制度の内容】

当社は、平成28年８月22日開催の取締役会において役員報酬制度の見直しを行い、新たに業績連動型株式報酬制度「株式給付信託（ＢＢＴ（＝Board Benefit Trust））」（以下「本制度」といいます。）を導入しております。また、同日開催の取締役会において、当社の株価や業績と従業員の処遇の連動性をより高め、経済的な効果を株主の皆様と共有することにより、株価及び業績向上への従業員の意欲や士気を高めるため、従業員に対して自社の株式を給付するインセンティブプラン「株式給付信託（Ｊ－ＥＳＯＰ）」（以下「本制度」といいます。）を導入しております。

 (株式給付信託「ＢＢＴ」)

１．本制度の概要

本制度は、当社が拠出する金銭を原資として当社株式が信託を通じて取得され、当社取締役に対して、取締役会が定める役員株式給付規程に従って、当社株式及び当社株式を時価で換算した金額相当の金銭（以下「当社株式等」といいます。）が信託を通じて給付される業績連動型の株式報酬制度です。なお、取締役が当社株式等の給付を受ける時期は、原則として取締役の退任時といたします。

２．株式給付信託「ＢＢＴ」に取得させる予定の株式の総数

平成28年11月28日付で300,000千円を拠出し、当事業年度末で、資産管理サービス信託銀行株式会社（信託Ｅ口）が52,200株、299,489千円取得しております。

３．当該株式給付信託（ＢＢＴ）による受益権その他の権利を受けることができる者の範囲

当社取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役は、本制度の対象外といたします。）

 (株式給付信託「Ｊ－ＥＳＯＰ」)

１．本制度の概要

本制度は、あらかじめ当社が定めた株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の従業員に対し当社株式を給付する仕組みです。当社は、従業員に対し個人の貢献度等に応じてポイントを付与し、一定の条件により受給権
の取得をしたときに当該付与ポイントに相当する当社株式を給付します。従業員に対し給付する株式については、あらかじめ信託設定した金銭により将来分も含め取得し、信託財産として分別管理するものとします。
本制度の導入により、当社従業員の株価及び業績向上への関心が高まり、これまで以上に意欲的に業務に取り組むことが期待されます。

２．株式給付信託「Ｊ－ＥＳＯＰ」に取得させる予定の株式の総数

平成28年11月28日付で132,000千円を拠出し、当事業年度末で、資産管理資産管理サービス信託銀行株式会社（信託Ｅ口）が22,900株、131,379千円取得しております。

３．当該株式給付信託（Ｊ－ＥＳＯＰ）による受益権その他の権利を受けることができる者の範囲

株式給付規程に定める受益者要件を満たした者

２ 【自己株式の取得等の状況】

【株式の種類等】

該当事項はありません。

(1) 【株主総会決議による取得の状況】

該当事項はありません。

(2) 【取締役会決議による取得の状況】

該当事項はありません。

(3) 【株主総会決議又は取締役会決議に基づかないものの内容】

該当事項はありません。

(4) 【取得自己株式の処理状況及び保有状況】

該当事項はありません。

３ 【配当政策】

一般には、バイオベンチャー企業の場合は研究開発活動のために剰余金は内部留保に充当すべきとの考え方も存在します。しかしながら、当社においては配当による株主様への利益還元も重要な経営課題だと認識しております。

当社は、将来においても安定的な収益の獲得が可能であり、かつ、研究開発資金を賄うに十分な利益が確保できる場合には、将来の研究開発活動等に備えるための内部留保充実の必要性等を総合的に勘案した上で、利益配当についても検討してまいります。

なお、当社は「剰余金の配当等会社法第459条第１項各号に定める事項については、法令に別段の定めがある場合を除き、取締役会の決議により定めることができる」旨を定款に定めております。

４ 【株価の推移】

(1) 【最近５年間の事業年度別最高・最低株価】

(注) １．最高・最低株価は、平成27年12月16日より東京証券取引所第一部におけるものであり、それ以前は同取引所市場マザーズにおけるものであります。

２．当社株式は、平成25年６月11日から東京証券取引所市場マザーズに上場しております。

３．※印は株式分割（平成27年７月１日付で１株につき４株の割合で株式分割）による権利落後の最高・最低株価を示しております。

４．□印は株式分割（平成29年７月１日付で１株につき２株の割合で株式分割）による権利落後の最高・最低株価を示しております。

(2) 【最近６月間の月別最高・最低株価】

(注) １．最高・最低株価は、東京証券取引所市場における株価を記載しております。

２．□印は株式分割（平成29年７月１日付で１株につき２株の割合で株式分割）による権利落後の最高・最低株価を示しております。

５ 【役員の状況】

男性　８名　女性　-名　（役員のうち女性の比率　-％）

(注) １．取締役　菅裕明氏、笹岡三千雄氏、長江敏男、花房幸範氏の４名は、社外取締役であります。

２．取締役の任期は、平成29年９月27日開催の定時株主総会終結の時から１年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結の時までであります。

３．取締役である監査等委員の任期は、平成29年９月27日開催の定時株主総会終結の時から２年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結の時までであります。

４．監査等委員会の体制は、次のとおりであります。

　　委員長　笹岡三千雄氏　委員　長江敏男氏　委員　花房幸範氏

５．当社は、平成29年７月１日をもって、株式１株につき２株の株式分割を行っております。所有株式数は、当該株式分割考慮後の株式数を記載しております。

６ 【コーポレート・ガバナンスの状況等】

(1) 【コーポレート・ガバナンスの状況】

※　コーポレート・ガバナンスに関する基本的な考え方

当社は、経営理念である「独自の創薬開発プラットフォームシステム 「PDPS」（Peptide Discovery Platform System）を活用し、特殊ペプチドによる創薬を完成させることにより、世界中にいる疾病で苦しむ方々に貢献すること」を目的としております。その実現のため、公正で透明性の高い経営を行い、企業価値を継続的に高め企業の社会的責任を果たし、当社のすべてのステークホルダー（利害関係者）から信頼を得ることが不可欠であると考えます。
　今後とも、コンプライアンスの徹底を図るとともに、積極的かつ迅速な情報開示による透明性・健全性の向上と効率経営を実現するための施策並びに組織体制の継続的な改善・強化に努めてまいります。

① 企業統治の体制

ａ．企業統治の体制の概要

当社は、平成27年９月18日開催の第９回定時株主総会において、監査等委員会設置会社への移行を内容とする定款の変更が決議されたことにより、当社は同日付をもって監査役会設置会社から監査等委員会設置会社へ移行しました。監査等委員会は３名（いずれも社外取締役）の監査等委員である取締役により構成されています。監査等委員である取締役は、定期的に監査等委員会を開催するほか、取締役会に出席し迅速かつ公正な監査・監視体制をとっております。

取締役会は、代表取締役２名、取締役３名（監査等委員である取締役を除く。うち１名は社外取締役。）、監査等委員である取締役３名の計８名で構成されています。取締役会は、毎月１回の定例取締役会に加え、必要に応じて臨時取締役会を開催し、迅速かつ効率的な経営監視体制をとっております。

ｂ．企業統治の体制を採用する理由

当社は、「監査等委員会設置会社」であり、取締役会、監査等委員会、会計監査人の機関を設置しております。取締役会における議決権を有する３名の監査等委員が経営の意思決定に関わることで、取締役会の監査・監督機能を強化することができ、当社のコーポレート・ガバナンスをより一層充実させるとともに経営の効率化を図ることが可能であると判断し、現在の体制を採用しております。

ｃ．会社の機関・内部統制の関係図

ｄ．内部統制システム整備の状況

当社は、取締役会において、「内部統制システムの整備に関する基本方針」を決議し、業務の適性を確保するための体制作りと管理体制のより一層の整備を図ることとしております。

取締役会においては、経営の基本方針、法令及び定款、会社諸規程の定めるところにより、経営に関する重要事項等について意思決定を行うとともに、取締役の職務の執行を監督しております。

ｅ．監査等委員会監査及び内部監査の状況

監査等委員会につきましては、３名の監査等委員である取締役によって構成されており、それぞれの役割に応じて、取締役会への出席、経営トップとの積極的な意見交換を行うとともに、決裁書類の閲覧等を適時に行い、取締役の業務執行の監査を行っています。

内部監査につきましては、内部監査担当者１名が監査を計画的に実施しており、監査結果を代表取締役に報告しております。被監査部門に対しては、監査結果をフィードバックし、改善事項の指摘及び指導に対して改善方針等について報告させることにより実効性の高い監査を実施しております。

なお、監査等委員会、内部監査担当者、会計監査人は、相互に連携して、三様監査の体制のもと、課題・改善事項等の情報を共有し、効率的かつ効果的な監査を実施するように努めております。

ｆ．会計監査の状況

当社は、会計監査人に有限責任 あずさ監査法人を選任し、監査業務を委嘱しております。平成29年６月期に監査業務を執行した公認会計士は、島義浩氏、佐藤義仁氏であり、いずれも継続監査年数は７年以内であります。同監査業務に係る補助者は、公認会計士５名、その他１名であります。

なお、有限責任 あずさ監査法人、監査業務を執行した公認会計士及びその補助者と当社との間には特別の利害関係はありません。

ｇ．社外取締役及び社外取締役である監査等委員との関係

ア　員数

当社の社外取締役は４名であり、うち３名が監査等委員であります。

イ　当社との人的関係、資本的関係又は取引関係その他の利害関係

社外取締役である菅裕明氏は、東京大学大学院理学研究系研究科教授を兼務しております。当社は東京大学との間に取引関係があります。また、同氏は当社株式14,125,904株（普通株式10,725,904株、潜在株式3,400,000株）を所有しております。

社外取締役（監査等委員）である笹岡三千雄氏は、当社株式220,000株を所有しております。

社外取締役（監査等委員）である長江敏男氏は、ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社取締役（監査等委員）を兼務しております。当社とヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社との間には特別な利害関係はありません。また、同氏は、当社株式7,600株を所有しております。

社外取締役（監査等委員）である花房幸範氏は、アカウンティングワークス株式会社代表取締役、鳥取ガス株式会社監査役、学校法人矢谷学園監事、アークランドサービス株式会社取締役（監査等委員）及び株式会社ぜん監査役を兼務しております。当社とアカウンティングワークス株式会社、鳥取ガス株式会社、学校法人矢谷学園、アークランドサービス株式会社及び株式会社ぜんとの間には特別な利害関係はありません。

ウ　企業統治において果たす機能及び役割並びに独立性に関する基準又は方針の内容及び選任状況に関する考え方

社外取締役である菅氏は、大学教授として培った知見を企業経営全般に活かし、取締役会の透明性の向上及び監督機能の強化のため、経営の監視と助言を行うことが期待できるものと考えております。

各監査等委員である社外取締役は、経営、創薬、財務・会計に関する相当程度の知見を有しており、実効性の高い監督・監査機能を果たすことが期待できるものと考えております。

当社は、社外取締役を選任するための独立性に関する基準又は方針として明確に定めたものはありませんが、東京証券取引所の定める独立役員制度を参考にしており、笹岡三千雄氏、長江敏男氏及び花房幸範氏を同取引所に独立役員として届け出ております。

エ　社外取締役による監督並びに内部統制部門との関係、監査等委員である社外取締役と内部監査、監査等委員会監査及び会計監査との相互連携

社外取締役は、取締役会に出席し意見を述べることにより、取締役の業務執行状況を監督し経営の監視機能を果たすとともに、適宜内部統制部門に対する質疑等を行っております。また、監査等委員である社外取締役については、監査等委員会監査基準に基づき監査を実施しております。

内部監査、監査等委員会監査及び会計監査との相互連携については、「ｅ．監査等委員会監査及び内部監査の状況」に記載のとおりです。

② リスク管理について

当社は、「内部統制システムの整備に関する基本方針」に基づき、リスク管理を強化するため、「リスク管理規程」を制定し、リスク情報を早期に把握・共有することでリスクの顕在化を未然に防止する体制の構築に努めております。

また、法律事務所、特許事務所及び会計事務所等の法務・会計専門家並びに社外の研究者等外部の専門家との相談や意見交換を通じて、事業に係るリスクをはじめとする諸情報を得て、最善と考えられる経営判断を行うよう努めております。

③ 役員報酬の内容

ａ．役員区分ごとの報酬等の総額、報酬等の種類別の総額及び対象となる役員の員数

（注）１.平成27年９月18日開催の第９回定時株主総会において取締役（監査等委員を除く）の報酬限度額は年額1,000,000千円以内（うち、社外取締役100,000千円以内）とご決議いただいております。

 ２.平成27年９月18日開催の第９回定時株主総会において取締役（監査等委員）の報酬限度額は年額200,000千円以内とご決議いただいております。

 ３.取締役（監査等委員を除く）の報酬等の額には、当事業年度に計上した役員株式給付引当金繰入額100,000千円が含まれております。

ｂ．役員の報酬等の額の決定に関する方針

当社の役員報酬については、株主総会決議により取締役及び監査等委員である取締役それぞれの報酬等の限度額を決定しております。各取締役及び各監査等委員である取締役の報酬額は、取締役については取締役会の決議により決定し、監査等委員である取締役については監査等委員会での協議により決定しております。平成27年９月18日開催の第９回定時株主総会において、取締役（監査等委員である取締役を除く。）の報酬については、報酬限度額を年額10億円以内（うち社外取締役分は１億円以内）、監査等委員である取締役の報酬については、報酬限度額を年額２億円以内とご決議いただいております。

④ 責任限定契約について

ａ．社外取締役の責任限定契約

当社と社外取締役とは、会社法第427条第１項及び定款の規定に基づき、同法第423条第１項の損害賠償責任を限定する契約を締結しております。当該契約に基づく損害賠償責任の限度額は、金100万円と法令の定める最低責任限度額とのいずれか高い額としています。

ｂ．会計監査人との間の責任限定契約

当社と会計監査人とは、会社法第427条第１項及び定款の規定に基づき、同法第423条第１項の損害賠償責任を限定する契約を締結しております。当該契約に基づく損害賠償責任の限度額は、金100万円と法令の定める最低責任限度額とのいずれか高い額としています。

⑤ 取締役の定数及び取締役の選任の決議条件

当社は、取締役（監査等委員である取締役を除く。）の員数を７名以内、監査等委員である取締役の員数を４名以内とする旨を定款に定めております。また、取締役の選任は、「監査等委員である取締役とそれ以外の取締役とを区別して、株主総会において議決権を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する株主が出席し、その議決権の過半数をもって行う」ものとし、「累積投票によらないものとする」旨定款に定めております。

⑥ 株主総会決議事項を取締役会で決議することができることとした事項

ａ．取締役の責任免除

当社は、職務の遂行にあたり期待される役割を十分に発揮できるようにするため、会社法第426条第１項及び定款の規定により、任務を怠ったことによる取締役（取締役であった者を含む。）の損害賠償責任を、法令の定める限度額の範囲内において、取締役会の決議によって免除することができる旨、定款に定めております。

ｂ．中間配当に関する事項

当社は、株主への適切な利益還元を可能とするため、会社法第454条第５項の規定により、取締役会の決議によって中間配当をすることができる旨を定款に定めております。

ｃ．自己株式の取得

当社は、機動的に自己株式の取得を行うことを目的として、会社法第165条第２項の規定により、取締役会の決議によって市場取引等により自己の株式を取得することができる旨を定款に定めております。

⑦ 株主総会の特別決議要件

当社は、株主総会の円滑な運営を行うことを目的として、会社法第309条第２項に定める決議について、議決権を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する株主が出席し、その議決権の３分の２以上をもって行う旨を定款に定めております。

(2) 【監査報酬の内容等】

① 【監査公認会計士等に対する報酬の内容】

② 【その他重要な報酬の内容】

前事業年度（自　平成27年７月１日　至　平成28年６月30日）

該当事項はありません。

当事業年度（自　平成28年７月１日　至　平成29年６月30日）

該当事項はありません。

③ 【監査公認会計士等の提出会社に対する非監査業務の内容】

前事業年度（自　平成27年７月１日　至　平成28年６月30日）

該当事項はありません。

当事業年度（自　平成28年７月１日　至　平成29年６月30日）

該当事項はありません。

④ 【監査報酬の決定方針】

監査日数、監査内容及び当社の事業内容・規模等を勘案したうえで決定しております。

第５ 【経理の状況】

１  財務諸表の作成方法について

当社の財務諸表は、「財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則」(昭和38年大蔵省令第59号)に基づいて作成しております。

２  監査証明について

当社は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、事業年度(平成28年７月１日から平成29年６月30日まで)の財務諸表について、有限責任 あずさ監査法人の監査を受けております。

３  連結財務諸表について

当社は子会社を有していないため、連結財務諸表は作成しておりません。

４  財務諸表等の適正性を確保するための特段の取り組みについて

当社は、財務諸表等の適正性を確保するための特段の取組みを行っております。具体的には、会計基準等の内容を適切に把握し、又は会計基準等の変更等について的確に対応して財務諸表を適切に作成できる体制を整備するために、監査法人等が主催するセミナーへの参加及び財務・会計の専門書の購読等を行っております。

１ 【連結財務諸表等】

(1) 【連結財務諸表】

該当事項はありません。

(2) 【その他】

該当事項はありません。

２【財務諸表等】

(1)【財務諸表】

①【貸借対照表】

②【損益計算書】

【売上原価明細書】

③【株主資本等変動計算書】

  前事業年度(自 平成27年７月１日 至 平成28年６月30日)

  当事業年度(自 平成28年７月１日 至 平成29年６月30日)

④【キャッシュ・フロー計算書】

【注記事項】

(重要な会計方針)

１　固定資産の減価償却の方法

(1)有形固定資産

定額法を採用しております。

なお、主な耐用年数は以下のとおりであります。

建物附属設備　　　　８年～15年

工具、器具及び備品　３年～５年

(2)無形固定資産

定額法を採用しております。

なお、主な償却年数は以下のとおりであります。

のれん　　　　　　　　　　５年

ソフトウェア（自社利用）　５年（社内における見込み利用可能期間） ２　繰延資産の処理方法

株式交付費

支出時に全額費用として処理しております。 ３　引当金の計上基準

役員株式給付引当金

役員株式給付規程に基づく取締役への当社株式の交付に備えるため、当事業年度末における株式給付債務の見込額に基づき計上しております。 ４　キャッシュ・フロー計算書における資金の範囲

キャッシュ・フロー計算書における資金（現金及び現金同等物）は、手許現金、随時引き出しが可能な預金及び預入期間が３か月以内の定期預金からなっております。 ５　その他財務諸表作成のための基本となる重要な事項

消費税等の会計処理

税抜処理を採用しております。 

(追加情報)

（繰延税金資産の回収可能性に関する適用指針の適用）　

「繰延税金資産の回収可能性に関する適用指針」（企業会計基準適用指針第26号　平成28年３月28日）を当事業年度から適用しております。

（従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引）

１　株式給付信託（ＢＢＴ）

当社は、当事業年度から役員報酬制度の見直しを行い、取締役（社外取締役及び監査等委員である取締役を除きます。）に対し、中長期にわたる業績向上と企業価値の増大への貢献意識を高めるため、取締役に対する新たな株式報酬制度「株式給付信託（ＢＢＴ）」を導入しております。
　当該信託契約に係る会計処理については、「従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引に関する実務上の取扱い」（実務対応報告第30号 平成27年３月26日）を適用しております。

(1) 取引の概要

本制度は、あらかじめ当社が定めた役員株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の取締役に対し、当社株式を給付する仕組みです。
　当社は取締役に対して、役員株式給付規程に従いポイントを付与し、原則として退任時に当該付与ポイントに相当する当社株式を給付します。取締役に対して給付する株式については、あらかじめ信託設定した金銭により将来分も含めて取得し、信託財産として分別管理するものとします。

(2) 信託に残存する自社の株式
　信託に残存する当社株式を信託における帳簿価額（付随費用の金額を除く。）により純資産の部に自己株式として計上しております。当事業年度末の当該自己株式の帳簿価額は299,489千円、株式数は52,200株であります。

２　株式給付信託（Ｊ－ＥＳＯＰ）

当社は、当事業年度から従業員の帰属意識を醸成することや株価及び業績向上への意欲を高めることを目的として、従業員に対して自社の株式を給付するインセンティブプラン「株式給付信託（Ｊ－ＥＳＯＰ）」を導入しております。
　当該信託契約に係る会計処理については、「従業員等に信託を通じて自社の株式を交付する取引に関する実務上の取扱い」（実務対応報告第30号 平成27年３月26日）を適用しております。

(1) 取引の概要

本制度は、あらかじめ当社が定めた株式給付規程に基づき、一定の要件を満たした当社の従業員に対し、当社株式を給付する仕組みです。
　当社は従業員に対して、個人の貢献度等に応じたポイントを付与し、一定の条件により受給権の取得をしたときに当該付与ポイントに相当する当社株式を給付します。従業員に対して給付する株式については、あらかじめ信託設定した金銭により将来分も含めて取得し、信託財産として分別管理するものとします。

(2) 信託に残存する自社の株式

信託に残存する当社株式を信託における帳簿価額（付随費用の金額を除く。）により純資産の部に自己株式として計上しております。当事業年度末の当該自己株式の帳簿価額は131,379千円、株式数は22,900株であります。

(損益計算書関係)

※１　販売費及び一般管理費の主要な費目及び金額並びにおおよその割合は、次のとおりであります。

※２　研究開発費の総額

前事業年度(自  平成27年７月１日  至  平成28年６月30日)

一般管理費に含まれる研究開発費は、228,212千円であります。なお、売上原価に含まれる研究開発費はありません。

当事業年度(自  平成28年７月１日  至  平成29年６月30日)

一般管理費に含まれる研究開発費は、362,681千円であります。なお、売上原価に含まれる研究開発費はありません。

※３　固定資産除却損の内容は、次のとおりであります。

(株主資本等変動計算書関係)

前事業年度(自  平成27年７月１日  至  平成28年６月30日）

１  発行済株式に関する事項

(変動事由の概要）

　発行済株式の増加数の内訳は、次のとおりであります。

２  新株予約権等に関する事項

(変動事由の概要）

第５回新株予約権の増加は、平成27年７月１日付で普通株式１株につき４株の割合で株式分割を行ったことによるものであり、減少は新株予約権の行使によるものであります。

第６回新株予約権の増加は、平成27年７月１日付で普通株式１株につき４株の割合で株式分割を行ったことによるものであり、減少は新株予約権の行使によるものであります。

３  配当に関する事項

（1）配当金支払額

該当事項はありません。

（2）基準日が当事業年度に属する配当のうち、配当の効力発生日が翌事業年度となるもの

該当事項はありません。

当事業年度(自  平成28年７月１日  至  平成29年６月30日）

１  発行済株式に関する事項

(変動事由の概要）

　発行済株式の増加は、新株予約権の行使によるものであります。

２  自己株式に関する事項

(注) １．当事業年度末の自己株式には、信託が保有する自社の株式が75,100株含まれております。

２．(変動事由の概要）

   自己株式の株式数の増加75,100株は、信託による取得75,100株であります。

３  新株予約権等に関する事項

(変動事由の概要）

第５回新株予約権の減少は、新株予約権の行使によるものであります。

第６回新株予約権の減少は、新株予約権の行使によるものであります。

４  配当に関する事項

（1）配当金支払額

該当事項はありません。

（2）基準日が当事業年度に属する配当のうち、配当の効力発生日が翌事業年度となるもの

該当事項はありません。

(キャッシュ・フロー計算書関係)

※１　現金及び現金同等物の期末残高と貸借対照表に掲記されている科目の金額との関係は、次のとおりであります。

※２　現金及び現金同等物を対価とする事業の譲受けにかかる資産および負債の主な内訳

前事業年度（自　平成27年７月１日　至　平成28年６月30日）

当社の事業の譲受けにより取得した資産および負債の内訳ならびに事業の取得価額と事業譲受による支出の関係は次のとおりです。

(金融商品関係)

１　金融商品の状況に関する事項

(1)金融商品に対する取組方針

当社は、資金の運用については、投機的な取引は行わない方針であり、安全性の高い金融資産に限定しております。また、必要な資金については、基本的に自己資金を充当することとしております。

(2)金融商品の内容及びそのリスク

預金の一部は外貨預金であり、為替変動リスクに晒されております。営業債権である売掛金は、極めて限定的ではありますが、顧客の信用リスクに晒されております。また、長期貸付金についても、信用リスクに晒されております。営業債務である買掛金、未払金は、１年以内の支払期日となっております。

(3)金融商品に係るリスク管理体制

①信用リスク（取引先の契約不履行等に係るリスク）の管理

当社は、主要な取引先の状況を定期的にモニタリングし、取引相手ごとに適切な与信管理を実施することにより月単位で回収期日及び残高を管理するとともに、財務状況等の悪化等による回収懸念の早期把握や軽減を図っております。

長期貸付金については、定期的に取引先の状況を把握し、財務状況等の悪化等による回収懸念の早期把握や軽減を図っております。

②市場リスクの管理

外貨預金について、為替の変動リスクが経営に与える影響は重要ではないと認識しておりますが、定期的に為替相場を把握し為替変動リスクを管理しております。

③資金調達に係る流動性リスク(支払期日に支払いを実行できなくなるリスク)の管理

当社は、各部署からの報告に基づき適時に資金繰計画を作成・更新するとともに、手元流動性の維持などにより流動性リスクを管理しております。

２　金融商品の時価等に関する事項

貸借対照表計上額、時価及びこれらの差額については、次のとおりであります。

前事業年度(平成28年６月30日)

当事業年度(平成29年６月30日)

（注１）金融商品の時価の算定方法

資  産

(1)現金及び預金、(2)売掛金

　これらは短期間で決済されるため、時価は帳簿価額にほぼ等しいことから、当該帳簿価額によっております。

(3)長期貸付金

　元利金の合計額を同様の新規貸付を行った場合に想定される利率で割り引いた現在価値により算定してあります。

負  債

(1)買掛金、(2) 未払金、(3)未払法人税等

　これらは短期間で決済されるため、時価は帳簿価額にほぼ等しいことから、当該帳簿価額によっております。

（注２）金銭債権の決算日後の償還予定額

前事業年度(平成28年６月30日)

当事業年度(平成29年６月30日)

(退職給付関係)

１．採用している退職給付制度の概要

当社は、確定拠出年金制度を採用しております。

２．確定拠出制度

当社の確定拠出年金制度への要拠出額は、当事業年度8,830千円であります。

(ストック・オプション等関係)

１　費用計上額及び科目名

該当事項はありません。

２　自社株式オプションの内容、規模及びその変動状況

当事業年度（平成29年６月期）において存在した自社株式オプションを対象とし、自社株式オプションの数については株式数に換算して記載しております。

なお、平成27年７月１日付で普通株式１株につき４株の割合で株式分割を行っておりますが、以下は当該株式分割を反映させた数値を記載しております。

(1) 自社株式オプションの内容

（注）第２回新株予約権はストック・オプションに該当しない自社株式オプションであります。

(2) 自社株式オプションの規模及びその変動状況

①  自社株式オプションの数

②  単価情報

３　当事業年度に付与された自社株式オプションの公正な評価単価の見積方法

当事業年度に付与された自社株式オプションはありません。

４　自社株式オプションの権利確定数の見積方法

基本的には、将来の失効数の合理的な見積もりは困難であるため、実績の失効数のみ反映させる方法を採用しております。

５　自社株式オプションの本源的価値により算定を行う場合の当事業年度末における本源的価値の合計額及び当事業年度において権利行使された自社株式オプションの権利行使日における本源的価値の合計額　

(税効果会計関係)

１  繰延税金資産及び繰延税金負債の発生の主な原因別の内訳

２  法定実効税率と税効果会計適用後の法人税等の負担率との差異の原因となった主な項目別の内訳

(セグメント情報等)

【セグメント情報】

当社の事業セグメントは、アライアンス事業のみの単一セグメントであり重要性が乏しいため、セグメント情報の記載を省略しております。

【関連情報】

前事業年度(自 平成27年７月１日 至 平成28年６月30日)

１　製品及びサービスごとの情報

単一の製品及びサービスの区分の外部顧客への売上高が損益計算書の売上高の90％を超えるため、記載を省略しております。

２　地域ごとの情報

(1) 売上高

(単位：千円)

(注)　売上高は顧客の所在地を基礎とし、国又は地域に分類しております。 

(2) 有形固定資産

本邦以外に所在している有形固定資産がないため、記載を省略しております。

３　主要な顧客ごとの情報

(単位：千円)

(注）当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きます。 

当事業年度(自 平成28年７月１日 至 平成29年６月30日)

１　製品及びサービスごとの情報

単一の製品及びサービスの区分の外部顧客への売上高が損益計算書の売上高の90％を超えるため、記載を省略しております。

２　地域ごとの情報

(1) 売上高

(単位：千円)

(注)　売上高は顧客の所在地を基礎とし、国又は地域に分類しております。 

(2) 有形固定資産

本邦以外に所在している有形固定資産がないため、記載を省略しております。

 ３　主要な顧客ごとの情報

(単位：千円)

(注）当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きます。 【報告セグメントごとの固定資産の減損損失に関する情報】

該当事項はありません。

【報告セグメントごとののれんの償却額及び未償却残高に関する情報】

当社は、アライアンス事業の単一セグメントであり、記載を省略しております。

【報告セグメントごとの負ののれん発生益に関する情報】

該当事項はありません。

【関連当事者情報】

　関連当事者との取引

　財務諸表提出会社の役員及び主要株主（個人の場合に限る。）等

前事業年度（自　平成27年７月１日　至　平成28年６月30日）

(注)　１.平成23年４月26日株主総会決議に基づく第５回新株予約権の権利行使であり、払込金額は１株につき22円であります。

２.平成26年８月19日定時取締役会決議に基づく第６回新株予約権の権利行使であり、払込金額は１株につき2,748円であります

当事業年度（自　平成28年７月１日　至　平成29年６月30日）

(注)　１.平成23年４月26日株主総会決議に基づく第５回新株予約権の権利行使であり、払込金額は１株につき22円であります。

(１株当たり情報)

(注) １．当社は、平成29年６月13日開催の当社取締役会の決議に基づき、平成29年７月１日付で普通株式１株につき２株の割合で株式分割を行っております。前事業年度の期首に当該株式分割が行われたと仮定して１株当たり純資産額、１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額を算定しております。

２．株主資本において自己株式として計上されている信託に残存する自社の株式は、１株当たり当期純利益金額の算定上、期中平均株式数の計算において控除する自己株式に含めております。また、１株当たり純資産額の算定上、期末発行済株式総数から控除する自己株式数に含めております。
１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額の算定上、控除した当該自己株式の期中平均株式数は当事業年度87,650株であります。１株当たり純資産額の算定上、控除した当該自己株式の期末株式数は当事業年度150,200株であります。

３．１株当たり当期純利益金額及び潜在株式調整後１株当たり当期純利益金額の算定上の基礎は、以下のとおりであります。

４．１株当たり純資産額の算定上の基礎は、以下のとおりであります。

(重要な後発事象)

(株式分割)

当社は、平成29年６月13日開催の取締役会決議に基づき、株式分割による新株式の発行を行っております。当該株式分割の内容は、次のとおりであります。

１．株式分割の目的

当社株式の投資単位当たりの投資金額を引き下げることにより、当社株式の流動性の向上を図ることを目的とするものであります。

２．株式分割の概要

(1)株式分割の方法

平成29年６月30日の株主名簿に記録された株主の所有株式数を１株につき２株の割合をもって分割いたしました。

(2)分割により増加した株式数

①株式分割前の発行済株式総数       57,309,200株
　②今回の分割により増加する株式数   57,309,200株
　③株式分割後の発行済株式総数      114,618,400株
　④株式分割後の発行可能株式総数    342,400,000株

(3)効力発生日

平成29年７月１日

３．１株当たり情報に及ぼす影響

当該株式分割による影響は、（１株当たり情報）に記載しております。

⑤ 【附属明細表】

【有形固定資産等明細表】

(注) １.当期増加額のうち主なものは次のとおりであります。

２.長期前払費用は非償却資産であるため、当期償却額の算出には含めておりません。

【社債明細表】

該当事項はありません。

【借入金等明細表】

該当事項はありません。

【引当金明細表】

【資産除去債務明細表】

当事業年度期首及び当事業年度末における資産除去債務の金額が当事業年度期首及び当事業年度度末における負債及び純資産の合計額の100分の１以下であるため記載を省略しております。

(2) 【主な資産及び負債の内容】

①  現金及び預金

②  売掛金

相手先別内訳

(注)　当社顧客との共同研究開発契約においては秘密保持条項が存在するため、社名の公表は控えさせて頂きます。

売掛金の発生及び回収並びに滞留状況

(注)  消費税等の会計処理は税抜方式を採用しておりますが、上記金額には消費税等が含まれております。

③  買掛金

④  未払法人税等

(3) 【その他】

当事業年度における四半期情報等

(注)　平成29年６月13日開催の当社取締役会の決議に基づき、当社は平成29年７月１日付で普通株式１株につき２株の割合で株式分割を行っております。当事業年度の期首に当該株式分割が行われたと仮定して１株当たり四半期(当期)純利益金額又は１株当たり四半期純損失金額（△）を算定しております。

第６ 【提出会社の株式事務の概要】

(注)  当社の株主は、その有する単元未満株式について、次に掲げる権利以外の権利を行使することができない旨定款に定めております。

(1) 会社法第189条第２項各号に掲げる権利

(2) 会社法第166条第１項の規定による請求をする権利

(3) 株主の有する株式数に応じて募集株式の割当て及び募集新株予約権の割当てを受ける権利

第７ 【提出会社の参考情報】

１ 【提出会社の親会社等の情報】

当社には、親会社等はありません。

２ 【その他の参考情報】

当事業年度の開始日から有価証券報告書提出日までの間に、次の書類を提出しております。

(1) 有価証券報告書及びその添付書類並びに確認書

　　事業年度　第10期（自　平成27年７月１日　至　平成28年６月30日）平成28年９月29日関東財務局長に提出

(2) 内部統制報告書及びその添付書類

　　平成28年９月29日関東財務局長に提出

(3) 四半期報告書及び確認書

第11期第１四半期（自　平成28年７月１日　至　平成28年９月30日）平成28年11月９日関東財務局長に提出　

第11期第２四半期（自　平成28年10月１日　至　平成28年12月31日）平成29年２月14日関東財務局長に提出

第11期第３四半期（自　平成29年１月１日　至　平成29年３月31日）平成29年５月15日関東財務局長に提出

(4) 臨時報告書

　企業内容等の開示に関する内閣府令第19条第２項第９号の２（株主総会における議決権行使の結果）の規定に基づく臨時報告書

平成28年９月29日関東財務局長に提出

第二部 【提出会社の保証会社等の情報】

該当事項はありません。

独立監査人の監査報告書及び内部統制監査報告書

平成29年９月28日

ペプチドリーム株式会社

取締役会  御中

有限責任 あずさ監査法人

指定有限責任社員業務執行社員 公認会計士 島 義 浩 ㊞

指定有限責任社員業務執行社員 公認会計士 佐 藤 義 仁 ㊞

＜財務諸表監査＞

当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づく監査証明を行うため、「経理の状況」に掲げられているペプチドリーム株式会社の平成28年７月１日から平成29年６月30日までの第11期事業年度の財務諸表、すなわち、貸借対照表、損益計算書、株主資本等変動計算書、キャッシュ・フロー計算書、重要な会計方針、その他の注記及び附属明細表について監査を行った。

財務諸表に対する経営者の責任

経営者の責任は、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して財務諸表を作成し適正に表示することにある。これには、不正又は誤謬による重要な虚偽表示のない財務諸表を作成し適正に表示するために経営者が必要と判断した内部統制を整備及び運用することが含まれる。

監査人の責任

当監査法人の責任は、当監査法人が実施した監査に基づいて、独立の立場から財務諸表に対する意見を表明することにある。当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる監査の基準に準拠して監査を行った。監査の基準は、当監査法人に財務諸表に重要な虚偽表示がないかどうかについて合理的な保証を得るために、監査計画を策定し、これに基づき監査を実施することを求めている。

監査においては、財務諸表の金額及び開示について監査証拠を入手するための手続が実施される。監査手続は、当監査法人の判断により、不正又は誤謬による財務諸表の重要な虚偽表示のリスクの評価に基づいて選択及び適用される。財務諸表監査の目的は、内部統制の有効性について意見表明するためのものではないが、当監査法人は、リスク評価の実施に際して、状況に応じた適切な監査手続を立案するために、財務諸表の作成と適正な表示に関連する内部統制を検討する。また、監査には、経営者が採用した会計方針及びその適用方法並びに経営者によって行われた見積りの評価も含め全体としての財務諸表の表示を検討することが含まれる。

当監査法人は、意見表明の基礎となる十分かつ適切な監査証拠を入手したと判断している。

監査意見

当監査法人は、上記の財務諸表が、我が国において一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に準拠して、ペプチドリーム株式会社の平成29年６月30日現在の財政状態並びに同日をもって終了する事業年度の経営成績及びキャッシュ・フローの状況をすべての重要な点において適正に表示しているものと認める。

＜内部統制監査＞

当監査法人は、金融商品取引法第193条の２第２項の規定に基づく監査証明を行うため、ペプチドリーム株式会社の平成29年６月30日現在の内部統制報告書について監査を行った。

内部統制報告書に対する経営者の責任

経営者の責任は、財務報告に係る内部統制を整備及び運用し、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係る内部統制の評価の基準に準拠して内部統制報告書を作成し適正に表示することにある。

なお、財務報告に係る内部統制により財務報告の虚偽の記載を完全には防止又は発見することができない可能性がある。

監査人の責任

当監査法人の責任は、当監査法人が実施した内部統制監査に基づいて、独立の立場から内部統制報告書に対する意見を表明することにある。当監査法人は、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係る内部統制の監査の基準に準拠して内部統制監査を行った。財務報告に係る内部統制の監査の基準は、当監査法人に内部統制報告書に重要な虚偽表示がないかどうかについて合理的な保証を得るために、監査計画を策定し、これに基づき内部統制監査を実施することを求めている。

内部統制監査においては、内部統制報告書における財務報告に係る内部統制の評価結果について監査証拠を入手するための手続が実施される。内部統制監査の監査手続は、当監査法人の判断により、財務報告の信頼性に及ぼす影響の重要性に基づいて選択及び適用される。また、内部統制監査には、財務報告に係る内部統制の評価範囲、評価手続及び評価結果について経営者が行った記載を含め、全体としての内部統制報告書の表示を検討することが含まれる。

当監査法人は、意見表明の基礎となる十分かつ適切な監査証拠を入手したと判断している。

監査意見

当監査法人は、ペプチドリーム株式会社が平成29年６月30日現在の財務報告に係る内部統制は有効であると表示した上記の内部統制報告書が、我が国において一般に公正妥当と認められる財務報告に係る内部統制の評価の基準に準拠して、財務報告に係る内部統制の評価結果について、すべての重要な点において適正に表示しているものと認める。

利害関係

会社と当監査法人又は業務執行社員との間には、公認会計士法の規定により記載すべき利害関係はない。

以  上

(注) １．上記は監査報告書の原本に記載された事項を電子化したものであり、その原本は当社(有価証券報告書提出会社)が別途保管しております。 ２．XBRLデータは監査の対象には含まれていません。